2013-06-02 91 views
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我在安裝GenomicFeatures(R中的bioconductor軟件包)時遇到問題,但我試圖安裝的所有其他Bioconductor軟件包都正常工作。對於GenomicFeatures錯誤是:無法安裝bioconductor的GenomicFeatures軟件包:「SetGeneric中的錯誤」

Error in setGeneric(f, where = where) : 
must supply a function skeleton for ‘cols’, explicitly or via an existing 
function Error : unable to load R code in package ‘GenomicFeatures’ 

我用Google搜索這個錯誤,發現只有兩個或三個環節(與其他R封裝),通常的問題是由於安裝舊[R,但我有一個相當新的。

我具有R 3.0.0和biocond.v 2.13

在另一臺計算機上R.3.0.0和biocond.v 2.12它安裝好。

爲了找出GF安裝失敗的原因,我將不勝感激任何提示或指示。

我的環境和安裝的命令和sessionInfo:

$ R 

R version 3.0.0 (2013-04-03) -- "Masked Marvel" 
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing 
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit) 

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
Bioconductor version 2.13 (BiocInstaller 1.11.1), ?biocLite for help 
> biocLite("GenomicFeatures") 
BioC_mirror: http://bioconductor.org 
Using Bioconductor version 2.13 (BiocInstaller 1.11.1), R version 3.0.0. 
Installing package(s) 'GenomicFeatures' 
trying URL 'http://bioconductor.org/packages/2.13/bioc/src/contrib/GenomicFeatures_1.13.8.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 752535 bytes (734 Kb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 734 Kb 

* installing *source* package âGenomicFeaturesâ ... 
** R 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
Error in setGeneric(f, where = where) : 
    must supply a function skeleton for âcolsâ, explicitly or via an existing function 
Error : unable to load R code in package âGenomicFeaturesâ 
ERROR: lazy loading failed for package âGenomicFeaturesâ 
* removing â/scratch_local/ugdg_software/lib/R/library/GenomicFeaturesâ 
* restoring previous â/scratch_local/ugdg_software/lib/R/library/GenomicFeaturesâ 


> sessionInfo() 
R version 3.0.0 (2013-04-03) 
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit) 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8  LC_NUMERIC=C    
[3] LC_TIME=en_GB.UTF-8  LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 
[5] LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8 
[7] LC_PAPER=C     LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C   
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base 

[固定] AS馬丁說,新的版本今日(2013年6月2日)解決了這個問題。

回答

1

看起來您正在使用Bioconductor的「devel」版本(目前,Bioconductor版本2.13,來自上述輸出),並且您正在被前沿更改咬住。 GenomicFeatures軟件包有not built successfully幾天,通過biocLite可用的版本無法正常使用其他可用軟件包。我相信,GenomicFeatures將成功構建今晚,在大約上午10點西雅圖時間星期日,6月2日

正確的地方,將可這是問題是Bioconductor的或BIOC-devel的mailing list

+0

感謝馬丁。我嘗試了第一個bioconductor郵件列表(我訂閱了這個郵件列表),但被googlemail/gmail的二元性咬了,我的郵件進入了「等待主持人的決定」。 –