使用Pandas從另一個數據框中的信息過濾數據幀

我有一個數據框在下面。使用Pandas從另一個數據框中的信息過濾數據幀

df = pd.DataFrame(columns=['Chromosome', 'Start','End'], 
    data=[ 
      ['chr1', 2000, 3000], 
      ['chr1', 500, 1500], 
      ['chr3', 3000, 4000], 
      ['chr5', 4000, 5000], 
      ['chr17', 9000, 10000], 
      ['chr19', 1500, 2500] 
      ])

我有一個探測數據框如下。

probes = pd.DataFrame(columns=['Probe', 'Chrom','Position'], 
    data=[ 
      ['CG999', 'chr1', 2500], 
      ['CG000', 'chr19, 2000], 
      ])

我要篩選行DF含有探針染色體，並且其具有探頭位置之間它的開始和結束號碼，然後在DF添加探頭名新列/字段。所需的輸出低於：

Probe Chrom Start End 
0 CG999 chr1  2000  3000 
5 CG000 chr19 1500  2500

我下面的作品嚐試，但探測器名稱不放到一個探針列，是循環探測數據的依賴。必須有一個更有效的方式來做到這一點。

all_indexes = [] 

# fake2.tsv is the aforementioned probes dataframe 
with open('fake2.tsv') as f: 
    for x in f: 
     probe, chrom, pos = x.rstrip("\n").split("\t") 
     row = df[(df['Chromosome'] == chrom) & ((int(pos) > df['Start']) & (int(pos) < df['End']))] 
     all_indexes.append(t.index.tolist()) 

all_t = [y for x in all_t for y in x] 
df.iloc[all_indexes]

來源

2017-06-15 DDRRpy

你可以試試這個：

df.merge(probes, left_on='Chromosome', right_on='Chrom').query('Start < Position < End')

輸出：

Chromosome Start End Probe Chrom Position 
0  chr1 2000 3000 CG999 chr1  2500 
2  chr19 1500 2500 CG000 chr19  2000

來源

2017-06-15 15:40:20

我剛剛遇到同樣的問題，顯然沒有內置的熊貓解決方案。然而，你可在下列線程使用的解決方案：

來源

2017-06-15 15:33:09 Dimgold

使用Pandas從另一個數據框中的信息過濾數據幀

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