向日葵散點圖使用matplotlib

我有興趣構建向日葵散點圖（例如，http://www.jstatsoft.org/v08/i03/paper [PDF鏈接]中所述）。在我編寫自己的實現之前，有沒有人知道現有的實現？我意識到Stata和R中的函數，但我正在matplotlib中尋找一個函數。向日葵散點圖使用matplotlib

謝謝。

來源

2014-03-04 cytochrome

你的數據看起來像什麼？具體而言，因爲數據沿着六邊形網格定位，所以向日葵圖不是真正的散點圖。你的定位是在一個六角網格上，還是你想在非網格位置上的向日葵形狀？ – tom10

正如在上面提到的論文中給出的例子，我的數據是「分散的」。當然，這些數據必須放入合適的六邊形網格單元中。 – cytochrome

查看['plt.hexbin']（http://matplotlib.org/api/pyplot_api.html#matplotlib.pyplot.hexbin）直方圖，示例在這裏：http://stackoverflow.com/a/2371812/1643946。在頂部沒有標記，所以需要一些工作 – Bonlenfum

我不知道任何matplotlib的實現，但它並不難做到。在這裏，我讓hexbin執行計數，然後經過每個單元，並添加花瓣相應的號碼：

enter image description here

import numpy as np 
import matplotlib.pyplot as plt 
from matplotlib import colors 

np.random.seed(0) 
n = 2000 
x = np.random.standard_normal(n) 
y = 2.0 + 3.0 * x + 4.0 * np.random.standard_normal(n) 

cmap = colors.ListedColormap(['white', 'yellow', 'orange']) 
hb = plt.hexbin(x,y, bins='log', cmap=cmap, gridsize=20, edgecolor='gray') 
plt.axis([-2, 2, -12, 12]) 
plt.title("sunflower plot") 

counts = hb.get_array() 
coords = hb.get_offsets() 

for i, count in enumerate(counts): 
    x, y = coords[i,:] 
    count = int(10**count) 
    if count>3 and count<=12: 
     n = count // 1 
     if n>1: 
      plt.plot([x], [y], 'k.') 
      plt.plot([x], [y], marker=(n, 2), color='k', markersize=18) 
    if count>12: 
     n = count // 5 
     if n>1: 
      plt.plot([x], [y], 'k.') 
      plt.plot([x], [y], marker=(n, 2), color='k', markersize=18) 

plt.show()

這裏是黃色花瓣1 = 1，和橙色花瓣1 = 5

這裏有一個顯而易見的改進之處是使用顏色映射。例如，你想要預設顏色邊界還是從數據等中計算顏色邊界？在這裏，我只是嘲笑了一下：我使用bins='log'只是爲了得到我使用的特定樣品的黃色和橙色細胞之間的合理比例;並且我硬編碼了白色，黃色和橙色細胞之間的邊界（3和12）。

能夠使用元組來指定matplotlib中的標記特徵使繪製所有不同的花瓣數真的很容易。

來源

2014-03-06 01:37:37 tom10

優秀！經過一些調整，這種方法應該適用於我的應用程序。 – cytochrome

太好了。我編輯了最後幾段，讓一些事情更清楚。（如果你發佈，看看你最終會看到什麼會很有趣。） – tom10

向日葵散點圖使用matplotlib

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