R：如何根據多列上的因子水平來減去值？

Question

我有一個數據幀看起來像這樣（使用reshape2 ::演員和合並）：

time days treatment extrafactor1 extrafactor2 extrafactor3 animal1 animal2 animal3 
10 83 control B water 2 2 67 40 
10 83 control B water 3 50 67 39 
10 83 control A water 3 22 80 63 
10 83 control A water 2 40 40 100 
10 83 treated A water 3 40 69 92 
10 83 treated A water 1 64 56 6 
10 83 treated A water 2 90 67 52 
10 83 treated B water 2 14 36 77 
10 83 treated B water 3 41 83 55 
10 83 treated B water 1 66 31 51 
11 86 control B water 1 99 100 10 
11 86 control B water 2 23 27 22 
11 86 control A water 3 57 10 65 
11 86 control A water 1 60 2 49 
11 86 control A water 2 23 14 44 
11 86 control B water 3 97 45 20 
11 86 treated B water 2 71 15 24 
11 86 treated B water 3 49 55 63 
11 86 treated A water 3 54 88 27 

，我想從處理樣品的。減去不同的動物的對照樣品的數值。當然，減數應該在其他因素的水平匹配的地方進行，所以「11_86_reatment_A_water_3」的動物1值應該被「11_86_control_A_water_3」的動物1值所減少，並且這對於每隻動物都是這樣。我一直想一些事情plyr像

df2 <- ddply(df, .(time,days,treatment,extrafactor1,extrafactor2,extrafactor3), transform, animal1 = animal1-animal1[treatment=="control"]) 

，但它給了我很多的NAS和我敢肯定有信息遺漏充分執行，我想有什麼。實際上有100多種動物。

我嘗試就是從這裏適應，但也有少輸入變量，少列執行上：Easiest way to subtract associated with one factor level from values associated with all other factor levels 這裏：R ddply with multiple variables

這也有可能等到重塑表到長格式對於ggplot，如果這使事情變得更容易？

對我有什麼建議嗎？

Answer 1

不是最優雅的，但您可以創建一個名爲group_string的新列，這是一個所有不同因素的串聯字符串，就像您在示例中已經提到的那樣。但是，無論是「控制」還是「處理」都將是最後一個論點。因此，例如，而不是

"11_86_treated_A_water_3"和"11_86_control_A_water_3"

你會

"11_86_A_water_3_treated"和"11_86_A_water_3_control"

然後，你可以通過不處理/控制字符串，例如所有的唯一字符串運行一個循環一個唯一的字符串是"11_86_A_water_3_"並且對於其中的每一個都減去group_string中來自在group_string中已經「處理」的行中具有「控制」的行。

編輯： 好吧，只是有另一個想法。除了治療（時間，日子，extrafactor1，extrafactor2，extrafactor3）之外的所有因素進行組合，每個子組都應該有兩行。然後使用diff()來計算每個子組的這兩行之間的差異。