2013-04-23 34 views
0

我有mpi在羣集上運行。它適用於可執行文件以及C程序;所以我很確定它可以正常工作。但是,當我嘗試安裝Rmpi時,出現錯誤。在Centos上安裝Rmpi失敗,並顯示「無法找到-lmpi」

架構:

  • Centos的6.4
  • MPICH 3.0.3(1.4有同樣的問題)。
  • ř2.15
  • Rmpi 0.6-3

我嘗試不同的組合。具體來說,試圖從R中運行install.packages(),並從命令行運行R CMD INSTALL。我嘗試了sudo,su - ,甚至安裝到非特權的「私人」目錄中(以防設置LD_LIBRARY_PATH)。所以,這裏是什麼,我跑了一個例子:我得到一致的錯誤

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/tmp/shared/mpich2-install/lib/ 
install.packages("Rmpi", configure.args = c("--with-Rmpi-include=/opt/tmp/shared/mpich2-install/include/", "--with-Rmpi-libpath=/opt/tmp/shared/mpich2-install/lib/", "--with-Rmpi-type=OPENMPI", "--with-mpi=/opt/tmp/shared/mpich2-install/")) 

在每一個事件:

gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o Rmpi.so RegQuery.o Rmpi.o conversion.o internal.o -L/opt/tmp/shared/mpich2-install/lib/ -lmpi -L/usr/lib64/R/lib -lR 
/usr/bin/ld: cannot find -lmpi 
collect2: ld returned 1 exit status 

注意的是,如果我把MPI-類型MPICH(代替了openmpi)我獲取有關錯誤格式的錯誤。

我跑出了想法......有一個similar後,但我的問題似乎不同。謝謝。

回答

0

顯然,這是MPICH和Rmpi之間已知的不兼容性。我安裝了Open MPI,一切正常。也許,它也會幫助別人......

相關問題