線繪製到MDS中的R

是否有人知道如何繪製等於相似性的行（如通過佈雷-柯蒂斯矩陣確定的）到一個MDS情節R.線繪製到MDS中的R

我已成功地覆蓋（hclust()）到社區組成數據的MDS（metaMDS()）上，但想要在相同或更高相似度的站點周圍繪製組成外殼。

2013-10-07 James Bell

不是真的，沒有一個簡單的（或以其他方式？）的方式映射實值相異到保持秩不相似性的NMDS空間上。我過去一直在用* ordisurf來預測選定樣本的不相似性，以將NMDS解決方案中預先計算的相異性建模爲x和y座標的函數，但我從來沒有隨之而來。如果您只想從指定的不相似性中選擇從層次聚類分析中劃分出來的網站羣組，則可以使用@ EDi's Answer是**純素**的方式。 –

如果您有一個hclust對象，則可以使用cutree()來提取具有大於特定值的不相似度的組。

此分組變量可通過ordihull()或ordispider()繪製到NMDS圖上。

下面是一個例子：

require(vegan) 
data(dune) 

# nmds 
nmds <- metaMDS(dune) 

# cluster 
clus <- hclust(vegdist(dune)) 
plot(clus) 
rect.hclust(clus, h = 0.6)

enter image description here

# extract groups with similarity > 0.6 between 
group_clus <- cutree(clus, h=0.6) 


# plot those 4 groups 
plot(nmds, display = 'sites', type = 'text') 
ordihull(nmds, groups=group_clus)

enter image description here

來源

2013-10-07 13:10:30 EDi

應該是'vegdist（）'而不是'dvegdist（）'。 –

線繪製到MDS中的R

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