「意外的文件結尾」和「錯誤輸入函數定義」使用的qsub

運行錯誤shell腳本我有以下的shell：「意外的文件結尾」和「錯誤輸入函數定義」使用的qsub

#!/bin/sh 
cd /sw/local/bin/ 
export LD_LIBRARY_PATH=/sw/local/lib:/usr/local/Trolltech/Qt-4.7.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH 
./FeatureFinderRaw -in /homes/JG-C1-18.mzML -out /homes/test_remove_after_use.featureXML -threads 20

，當我從我自己的命令行運行它，它工作正常，但是當我儘量做到：

qsub -q ningal.q -cwd -V -o /homes/queue.out -e /queue.err featureFind_C1-18_20t.sh

我得到以下錯誤：

/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file 
/bin/sh: error importing function definition for `module' 
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libOpenMS.so: cannot open shared object file: No such file or directory 
/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file 
/bin/sh: error importing function definition for `module' 
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libQtWebKit.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory 
/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file 
/bin/sh: error importing function definition for `module' 
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libQtWebKit.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory 
/bin/bash: module: line 1: syntax error: unexpected end of file 
/bin/bash: error importing function definition for `module' 
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libQtWebKit.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory 
/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file 
/bin/sh: error importing function definition for `module' 
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libQtWebKit.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory 
/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file 
/bin/sh: error importing function definition for `module'

我不明白爲什麼我得到這個電子使用qsub時發生錯誤，而不是直接在同一個羣集機器上運行腳本。我如何使用qsub運行腳本？

來源

2012-05-08 Niek de Klein

由於某種原因，我不知道在每行末尾添加分號修復了問題。

來源

2012-05-08 13:38:17

在/ usr/share/Modules/init/bash的每一行？（這裏有同樣的問題）。 – Eureka

沒有在shellcript結尾 –

如果添加分號有所幫助，最可能的原因是您使用DOS行結尾（\ r \ n）而不是POSIX行結尾（\ r）保存文件。

來源

2012-05-08 15:54:47

我跑了dos2unix，這沒有什麼區別。另外，我在linux上編寫它，當我在不使用qsub的情況下在同一個Linux集羣上運行它時，它可以工作。 –

在/ usr/share/Modules/init/bash中註釋掉'export -f module'一行。

在正常的登錄shell中，將從profile.d調用modules.sh，因此模塊命令可用。在非登錄shell中，像應用程序包裝腳本，它只是首先獲取上述文件。

通常在採購上面的文件後，應用程序腳本他們再次發出命令「模塊加載應用程序/供應商/應用程序」，這意味着額外的採購。

參考:: - http://gridengine.org/pipermail/users/2011-November/002019.html

來源

2012-07-20 10:37:19

也有在使用

qsub -shell no -b yes -cwd -V somescript.bash arg1 arg2 etc

，如果你用它來提交其他的bash shell腳本包裝腳本這個問題。它產生的annonying

/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file 
/bin/sh: error importing function definition for `BASH_FUNC_module'

（這是Sun Grid Engine的211.11在CentOS 6.6上運行）原來事情都是由簡單地把在包裝腳本（不是裹着腳本）的頂部以下解決：

unset module

就是這樣。

來源

2014-11-25 15:30:14 plijnzaad

「意外的文件結尾」和「錯誤輸入函數定義」使用的qsub

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