將ROI輪廓和標籤添加到灰度堆棧並創建蒙太奇

Question

我有一個具有〜100個切片的灰度圖像堆棧。在選定的切片中，我已經使用手繪工具指出了ROI並添加了一個用於測量的標籤。

我想要做的是生成一個蒙太奇，其中包含所選切片，並將ROI和標籤指定爲疊加層。我試圖製作一個分區，從ROI管理器添加疊加層，然後生成蒙太奇，但蒙太奇不顯示疊加層。我也嘗試了'拼合'命令，但它需要一個RGB圖像。如果我將灰度圖像轉換爲RGB，它會將第一張圖像上的所有感興趣區域重疊，而不是將它們放置在右側圖像上。

關於如何做到這一點的任何想法？

謝謝！

Answer 1

下面的宏代碼創建的ROI管理的每個投資回報率的扁平意見蒙太奇：

myTitle = getTitle(); 
for (i=0; i<roiManager("count"); i++) { 
    selectWindow(myTitle); 
    roiManager("select", i); 
    run("Select None"); 
    run("Duplicate...", "title=single-slice"); 
    run("Restore Selection"); 
    run("Flatten"); 
    rename("ready-for-stack"); 
} 
run("Images to Stack", "name=Stack title=ready-for-stack use"); 
selectWindow("Stack"); 
run("Make Montage...", "scale=1 increment=1 border=1"); 

要嘗試一下，將代碼粘貼到script editor（的Fiji/ImageJ2部分），選擇語言> IJ1宏並按運行。