爆炸數據庫索引錯誤

Question

我得到了以下錯誤消息，當我跑TBLASTN

TBLASTN -query〜/ seq.fa退房手續〜/ seq.out -db〜/噴砂/ NCBI-BLAST-2.2.29 +/db/nr -num_alignments 20000 BLAST數據庫錯誤：在搜索路徑中找不到用於核苷酸數據庫[〜/ blast/ncbi-blast-2.2.29 +/db/nr]的別名或索引文件[〜/ blast/ncbi-blast -2.2.29 +/bin ::/directory/path/to/blast/databases：]

在/ db中，存在帶有phd，phi，phr，pin，pnd，pni，pgo，ppd的nr文件，ppi，psd，psi和psq擴展名，用於所有nr文件，範圍從00到16，即nr.00.phr等。

如果索引文件是db文件夾中的這些文件之一，爲什麼blast沒有找到它們？

是否包含代表性基因組，因爲這是我想要使用的？

微生物數據庫如何？

非常感謝

Answer 1

爆炸，因爲它正在尋找所謂的nr.phd文件，nr.phi，等找不到NR數據庫...如果你創建一個在~/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/稱爲nr.pal文件，該文件包含以下內容：

TITLE nr database 
DBLIST nr.00 nr.01 nr.02 nr.03 nr.04 nr.05 nr.06 nr.07 nr.08 nr.09 nr.10 nr.11 nr.12 nr.13 nr.14 nr.15 nr.16 

你的命令應該工作。讓我知道它是怎麼回事....祝你好運，保羅