Mpdboot：棄用警告

我想使用mpdboot命令來啓動4個處理器來運行我的MPI程序。我創建了一個包含4個節點（75,77,79和80）的mpd.hosts文件。他們每個人都運行python 2.3.4。我還修改了bashrc和cshrc文件，以確保變量包含編譯器庫目錄的路徑。我還設置了mpd.conf文件並檢查它是否具有rw（600）權限。Mpdboot：棄用警告

我抄輸出屏幕下方，當我運行mpdboot

[N @心臟] $ mpdboot -n 4 -r SSH

：38：棄用警告：popen2模塊已被棄用。使用子流程模塊。

Ñ@ 75的密碼：XXX

Ñ@ 77的密碼：XXX

Ñ@ 79的密碼：XXX

Ñ@ 80的密碼：XXX

mpdboot_heart.int（err_exit 526 ）：mpd無法在heart.int上正確啓動

原因：0：來自mpd /opt/intel/mpi/2.0/bin/mpd.py:85的無效端口：DeprecationWarning：md5模塊爲depreca泰德;使用hashlib代替

殺

第2部分：

我也登錄到一個節點，並試圖運行mpdboot。這裏是通過執行輸出

[N @ 79〜] $ mpdboot -n 4 -r SSH

Ñ@ 75的密碼：XXX

Ñ@ 77的密碼：XXX

Ñ @ 79的密碼：XXX

ñ@ 80的密碼：XXX

mpdboot_79_0（mpdboot 499）：已在1 75 MPD（引導）啓動過程中檢測到的問題;輸出：

權限被拒絕，請重試。

N - [75密碼：權限被拒絕，請重試。

Ñ@ 77的密碼：mpdboot_79_0（mpdboot 515）：已經在2 77 MPD（引導）啓動過程中檢測到的問題;輸出：

權限被拒絕，請重試。

權限被拒絕（公鑰，GSSAPI與 - 麥克風，密碼）。

N - [77密碼：權限被拒絕，請重試。

權限被拒絕（公鑰，GSSAPI與 - 麥克風，密碼）。

我該怎麼處理這件事？

來源

2011-07-06 Ashmohan

的幾點：

你真的don't want to use MPD了。該流程管理器已被棄用，並被hydra process manager取代。
您必須使用舊版本的MPD（舊版MPICH2），因爲AFAIK所有這些棄用警告在1.1版本中都是固定的。我懷疑你實際上是在運行Python 2.3.4，因爲我認爲這些警告是在2.6版本中添加到Python中的。
對於「第2部分」，您的ssh配置很差。您需要確保無密碼ssh（使用ssh密鑰）在所有主機之間正常工作。即使您切換到hydra進程管理器，這也是必要的，但在這種情況下您可能會收到更好的錯誤消息。

來源

2011-07-06 16:27:07

謝謝戴夫。當我這樣做時，ssh python -V，它確實給了我2.3.4。另外，就上述問題而言，如何將我的iccvars.sh，bashrc或cshrc文件鏈接起來可能會造成問題？我可以發佈這些內容和路徑，如果這可能有助於闡明一些光明。 – Ashmohan

嘗試更新MPICH2（1.4）的[當前版本]（http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/index.php?s=downloads）並使用hydra。這將完全避免python和MPD問題（不再需要mpdboot步驟）。儘管如此，您仍然需要解決無密碼的ssh問題。 –

太棒了！謝謝！所以，一旦我有這個......下一步是什麼？我有一個MPI應用程序可以運行。我已經用4個處理器在單個節點上測試過它。我使用mpirun命令來提交我的工作。這整個努力是我試圖使用更多的節點......因此，一旦安裝了MPICH（1.4），在我提交工作之前需要注意的事項是什麼？ – Ashmohan

是mpdboot兼容這樣的版本的python？這是古老的，我甚至不知道還有什麼發行版仍然發貨2.3。你用2.7試過了嗎？

來源

2011-07-06 00:28:41 Daenyth

如何檢查兼容性？我正在使用「Intel MPI Library for Linux * OS入門指南」，它說我必須驗證已安裝的Python版本是2.2或更高版本。我目前安裝的是2.3.4 – Ashmohan

@Ashmohan：這似乎表明它被支持。在這一點上，你應該看看你的代碼並檢查那裏的錯誤。棄用警告（大多數情況下）是無害的 - 它們只是表示您要調用的函數可能會在未來的版本中被刪除。 – Daenyth

Mpdboot：棄用警告

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