找到最接近5個樣本指數在距離矩陣

Question

用戶

我有一個距離矩陣DMAT，想找到最近的5個樣本的第一個。我可以在R中使用哪些功能？我知道如何找到最接近的樣本（參見第3行代碼），但無法弄清楚如何獲得其他4個樣本。

的代碼：

Mat <- replicate(10, rnorm(10)) 
dMat <- as.matrix(dist(Mat)) 
which(dMat[,1]==min(dMat[,1])) 

的代碼的第三行查找最接近的樣品與第一樣本的索引。

感謝您的幫助！

最佳， Chega

Answer 1

您可以使用order做到這一點：

head(order(dMat[-1,1]),5)+1 
[1] 10 3 4 8 6 

注意，我刪除了第一個，因爲你可能不希望包括事實，你的參考點距離本身0距離。

Answer 2

替代使用sort：

sort(dMat[,1], index.return = TRUE)$ix[1:6] 

這將是很好的矩陣使用random numbers這樣我們就可以顯示的結果是相同的，當增加一個set.seed(.)。我會在這裏跳過結果。

編輯（正確的解決方案）：，如果第一個元素是總是最小的上述解決方案只會工作！下面是正確的解決方案，將始終給予5個最接近值列的第一個元素：

> sort(abs(dMat[-1,1] - dMat[1,1]), index.return=TRUE)$ix[1:5] + 1 

例子：

> dMat <- matrix(c(70,4,2,1,6,80,90,100,3), ncol=1) 
# James' solution 
> head(order(dMat[-1,1]),5) + 1 
[1] 4 3 9 2 5 # values are 1,2,3,4,6 (wrong) 
# old sort solution 
> sort(dMat[,1], index.return = TRUE)$ix[1:6] 
[1] 4 3 9 2 5 1 # values are 1,2,3,4,6,70 (wrong) 
# Correct solution 
> sort(abs(dMat[-1,1] - dMat[1,1]), index.return=TRUE)$ix[1:5] + 1 
[1] 6 7 8 5 2 # values are 80,90,100,6,4 (right)