基因型數據 - 如何導入使用R

我是一個新的成員的stackoverflow，我開始在R工作，所以我需要一些幫助！基因型數據 - 如何導入使用R

我有一個740行和500 000列的文件，由製表符分隔，格式爲.txt。該文件的大小約爲1.2GB。該文件包含關於牛的基因型的信息。我需要將此文件讀入R程序，以利用表型數據進行關聯研究分析。我不能在R中導入這個大文件。有人知道一個命令來做到這一點？只需要導入這個文件並在R中讀取它的命令？

我的系統：i5和6Gb的RAM存儲器。

來源

2012-12-07 Rafael Espigolan

這是R中的一個非常基本的功能。如果您的問題是您以前認爲其他人的問題，那麼您應該檢查R手冊/文檔和基本的谷歌搜索。閱讀http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf（基本的R手冊）第七章，瞭解如何導入數據。如果您在一小時左右的工作後仍然有問題，請告訴我們這個問題。 –

在R中，您可以輸入?read.csv和?read.table，它將爲您提供這些功能的幫助文件。

然後，您可以將此函數的輸出分配給一個變量，該變量將成爲您的數據框。

例如：

myDataFrame <- read.csv("path/to/file.txt", sep="\t")

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2012-12-07 20:04:41

函數read.table（）是你所需要的。你的文件是否有頭文件？

在Linux（在文件中沒有頭）： mydata = read.table("/home/username/genotype.txt", header=FALSE)

在Linux（在文件頭）： mydata = read.table("/home/username/genotype.txt", header=TRUE)

在Windows（在文件中沒有頭）： mydata = read.table("c:\\mydata\\genotype.txt", header=FALSE)

在Windows（帶有文件頭）： mydata = read.table("c:\\mydata\\genotype.txt", header=TRUE)

read.table()默認使用tab作爲分隔符，但您可以指定參數sep =「，」（或sep =「|」等）來指定不同的分隔符。

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2012-12-07 20:24:10

感謝您的回覆，但read.table命令可以導入大文件？ –

取決於你的意思是「大」。我用它讀取了500,000-800,000行和100+列的文件，結合了數字和文本數據。也取決於你的硬件和操作系統。 –

其他答案解決了讀取R中數據的一般問題，但是您的數據是特定類型的;在CRAN和Bioconductor以及in the wild上有一些優秀的「特定領域」套餐。這些軟件包將有自己的方式輸入這些數據，可能會從您當前的表示中轉換出來，但可能會對高效處理和執行常見操作有很大好處。更好地追求這些，同時學習如何使用R的一般特徵。

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2012-12-07 21:12:07

基因型數據 - 如何導入使用R

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