如何在biomaRt R軟件包中使用NCBI基因數據庫

Question

我並不是很熟悉R，但我試圖學習如何使用biomaRt軟件包來查找位於我感興趣的區域的基因。

我已經成功使用ENSEMBL數據集用下面的代碼產生一個有效的輸出：

> mart= useMart(biomart="ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl") 
> results <- getBM(attributes =c("chromosome_name","start_position","end_position", 
"band","hgnc_symbol","entrezgene"), filters = c("chromosome_name","start","end"), 
values = list(1,226767027,227317593), mart=mart) 

我知道「entrezgene」對應於NCBI基因ID，但我想有來自NCBI的GENE NAME。

有沒有辦法將biomaRt連接到NCBI數據庫並檢索該信息？

謝謝您的高級。

Answer 1

類型listAttributes(mart)看到的屬性列表，您可以選擇

關於基因的名字，我想你可能想external_gene_id但也有其他基因名稱選項，以及。