錯誤下載GPL文件，getGEO

Question

使用OSX 10.11和R 3.3.0使用我包GEOQuery得到這個錯誤：

library(GEOquery) 
GSE56045 <- getGEO("GSE56045") 

它下載的文件GSE而不是GPL：

Error in download.file(myurl, destfile, mode = mode, quiet = TRUE, method = getOption("download.file.method.GEOquery")) : 
    cannot open URL 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?targ=self&acc=GPL10558&form=text&view=full' 

Answer 1

它看起來像GPL文件被重定向，並且在GEOquery中自動設置的下載方法無法遵循重定向：setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')

我能夠通過在R中運行此工作來獲得它的工作：options('download.file.method.GEOquery' = 'libcurl') 另外，我不得不刪除舊的下載的GPL文件 - 這只是重定向消息。只需設置下載目錄而不是找到臨時文件，使用getGEO命令使用destdir =更容易。