1
我正在使用Java中的並行性實現高效的序列比對算法。我想返回序列中所有可能的位置。並行序列比對算法
你們可以建議一個算法，這是可行的嗎？我已經看到了Needem-Wunsch史密斯 - 沃特曼，但我正在尋找一些不那麼複雜但仍然有效的東西。我剛剛開始使用並行處理，因此它不能太複雜。
謝謝。
Q
並行序列比對算法
A
回答
0
您可以使用BLAST的基本局部比對搜索工具
相關問題
- 1. 算法來比對數字序列
- 2. 序列比對
- 3. 僅使用indels進行全局多重序列比對的算法
- 4. 如何運行並行排序算法？
- 5. 並行算法檢查序列是否排序
- 6. AsyncTask序列比並行更快
- 7. Perl算法比較陣列
- 8. 多序列比對
- 9. 算法合併排序陣列
- 10. 擔保對STL並行搜索算法
- 11. LibreOffice Calc按列對比排序行
- 12. 並行乘法矩陣openmp比序列更慢
- 13. 多重序列比對 - 追加比對
- 14. 爲什麼這個並行算法運行速度比其對應的算法慢？
- 15. levenshtein算法並行
- 16. 爲最長公共實施並行算法子序列
- 17. 排序對象列表的算法
- 18. Python：Pandas：按聚類算法對列排序
- 19. 並行化串行算法
- 20. 比薩並行陣列
- 21. 如何計算矩陣總和並對其進行比較
- 22. 高級序列比對
- 23. 全局序列比對
- 24. 這種合併排序算法能做多少次比較？
- 25. 合併排序Java算法
- 26. 比較算法
- 27. 比較算法
- 28. 比較和對比蒙特卡洛方法和演化算法
- 29. 如何計算文本字符串的多個序列比對
- 30. 計算序列比對中每個位置的保守性
如果你想找到所有可能的路線，沿途的Needleman-Wunch或史密斯 - 沃特曼線的東西是唯一的選擇 - 您需要嘗試所有可能的對齊方式，而動態編程（這是這兩種算法的關鍵）幾乎是唯一有效地嘗試它們的方法。任何其他算法（如BLAST）都將是一種啓發式方法，可能會更快，但會失去保證聽起來像是您想要的。 – seaotternerd