算法來比對數字序列

嗨
我有數字數據的兩個序列讓我們說：
S1：1,6,4,9,8,7,5和S2：6,9,7,5
我想在左右和左右兩個方向上找到序列比對。
所以我使用2技術之前問我實際上使用匈牙利算法，但它不是順序，所以它不會給出好結果
而且我使用Needleman-Wunsch算法的修改版本，但我認爲我可能做錯了或者一些東西，我一直在挖掘至少4個月的任何東西，可以幫助我，但我只找到遺傳算法，這可能是有益的，但我想知道是否有算法存在，我可能還沒有看到呢？
因此，正式提出我的問題：你將如何對齊兩個積極數值（整數或雙）序列？ 算法來比對數字序列

來源

2017-05-14 Chekbo

你的問題中顯示的2個序列的預期輸出是什麼？你如何得到這個輸出的解釋是什麼？ – Dukeling

難道你不應該試着弄清楚迄今爲止你寫的代碼出了什麼問題（通過調試），而不是廢棄它並尋求不同的方法？ – Dukeling

@Dukeling讓我們假設這將是一個數組，我們將擁有匹配最好的元素（不是真正的完美匹配），但至少是最接近的元素，所以這個例子是隨機的，它會給出一個完美的匹配，如（[ 2,1]，[4,2]，[6,3]，[7,4]），左邊的元素是S1序列的索引，與右邊的元素相匹配，這兩個序列之間的距離實際上是非匹配元素的總和+匹配元素的絕對基數之和 – Chekbo

我相信你可以用下面的完成你的目標：

import string 
from Bio import pairwise2 
from Bio.pairwise2 import format_alignment 

seq1 = "1649875" 
seq2 = "6975" 

numDict = {} 
for x in range(0,10): 
    for y in range(0,10): 
     numDict[(str(x),str(y))] = -abs(x-y) 
#print(numDict) 

for a in pairwise2.align.globalds(seq1, seq2, numDict, -3, -1): 
    print(format_alignment(*a)) #prints alignment with best score 

#for a in pairwise2.align.globalms(seq1, seq2, 5, -5, -3, -1): 
    print(format_alignment(*a))

的globalds對準允許您使用自定義詞典（在這種情況下，我創建了一個包含數字從1-9詞典並找到它們在配對時的差異的絕對值）。如果你只是想要一個平坦的yes/no評分系統，你可以做一些像globalms這樣的事情，其中成功是+5，失敗是-5。請注意，我建議在執行對齊時使用空位罰分。還要熟悉'全球'和'本地'路線。關於Pairwise2 biopython模塊的更多信息可以在這裏找到：http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.pairwise2-module.html

來源

2017-08-04 17:55:50 Ghoti

謝謝您的回答，但我實際上是在尋找一個對齊方式，即使數字不同，因爲該序列實際上是一個浮點序列，但我想要一個更全局的解決方案，而且我實際上找到了它只是忘了分享它，所以我使用[Wunsch Needleman算法]（https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm），它適應了我的具體問題，並且實際上比較了我剛纔的數據自然而然地用絕對值和最大（seq）+ 1的差距，我不知道爲什麼+1這只是對我而言，我必須進一步搜索如何改善它。 – Chekbo

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