SPARQL

我一直用這個帖子得到一個RDF節點的父母或譜系，所有節點的所有家長：SPARQL query to get all parent of a node SPARQL

這很好地工作我演奏家服務器上。對不起，找不到包含具有類似結構的數據的公共端點。

prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> 
prefix bto: <http://purl.obolibrary.org/obo/> 
select (group_concat(distinct ?midlab ; separator = "|") AS ?lineage) 
where 
{ 
    bto:BTO_0000207 rdfs:subClassOf* ?mid . 
    ?mid rdfs:subClassOf* ?class . 
    ?mid rdfs:label ?midlab . 
} 
group by ?lineage 
order by (count(?mid) as ?ordercount)

給

+---------------------------------------------------------+ 
|       lineage       | 
+---------------------------------------------------------+ 
| bone|cartilage|connective tissue|tibia|tibial cartilage | 
+---------------------------------------------------------+

然後我想，如果我可以通過改變選擇獲得所有節點的譜系

select ?s (group_concat(distinct ?midlab ; separator = "|") AS ?lineage)

，並在WHERE語句到第一線

?s rdfs:subClassOf* ?mid .

那些比我有更多SPARQL經驗的人可能不會對查詢超時感到驚訝。

這是一個合理的方法嗎？我在語法上做錯了什麼？

我懷疑是不同的關鍵詞或group子句是瓶頸，因爲這樣只需要一兩秒鐘：

prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> 
prefix bto: <http://purl.obolibrary.org/obo/> 
select ?s ?midlab 
where 
{ 
    ?s rdfs:subClassOf* ?mid . 
    ?mid rdfs:subClassOf* ?class . 
    ?mid rdfs:label ?midlab . 
    ?s <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasOBONamespace> "BrendaTissueOBO"^^<http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string> . 
}

來源

2015-07-19 Mark Miller

你的第一個查詢是不合法的。您可以在sparql.org's query validator進行檢查。雖然您可以通過計數（？mid）的順序，您不能將該值綁定到變量並按相同的子句進行排序。這將使你：

select (group_concat(distinct ?midlab ; separator = "|") AS ?lineage) 
where 
{ 
    bto:BTO_0000207 rdfs:subClassOf* ?mid . 
    ?mid rdfs:subClassOf* ?class . 
    ?mid rdfs:label ?midlab . 
} 
group by ?lineage 
order by count(?mid)

現在，這法律，但它不會使相當多的意義。 group_concat要求您有一些組，並且您將爲每個組內的值進行串聯。在沒有組子句的情況下，您將得到一個隱式組，因此group_concat沒有組可以。但是你有一個組，由血統，這並沒有太大的意義，因爲？沿襲已經只有每組一個價值（因爲它已經是一個聚合）。如下所示，更好的是組由？s組成。這似乎更正確，並且可能不會超時：

select ?s (group_concat(distinct ?midlab ; separator = "|") AS ?lineage) 
where 
{ 
    ?s rdfs:subClassOf* ?mid . 
    ?mid rdfs:subClassOf* ?class . 
    ?mid rdfs:label ?midlab . 
} 
group by ?s 
order by count(?mid)

來源

2015-07-21 14:42:21

這看起來很有希望。我添加了from子句，並將順序改爲「（count（？mid）as？midcount）」，並得到了合理的結果。 –

@MarkMiller'order by（... as ...）'**不合法**。 Virtuoso可能會接受它（它接受一些非標準的語法），但它不是合法的SPARQL。如果您需要針對另一個端點運行您的查詢，那很可能**不起作用**。你可以選擇（count（？mid）爲？midcount）{...} order by？midcount'，你可以通過count（？mid）選擇... {...} order，但是你可以't'select ... {...} order by（count（？mid）as？midcount）''。變量綁定形式'（... as ...）'在......按順序不合法。（然而，它*在* group by中是合法的。） –

我真的很感激你的反饋，並且對於不仔細研究而感到抱歉。我也使用耶拿和MarkLogic評估，所以最佳實踐對我很重要。「按數量排序（？中間）「raise」Virtuoso 37000錯誤SP030：SPARQL編譯器，第12行：語法錯誤'（'before'？mid'「只要將它括在沒有AS的圓括號中就行，並通過驗證程序 –

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