Plotting PCA：標記數據點的方法

我可以使用Plot函數。可以使用情節來獲得pca結果。但不知道如何根據我的數據點這是rownames(Sample)編號爲1至90Plotting PCA：標記數據點的方法

Sample<-read.table(file.choose(),header=F,sep="\t") 
Sample.scaled<-data.frame(apply(Sample_2XY,2,scale)) 
Sample_scaled.2<-data.frame(t(na.omit(t(Sample_2XY.scaled)))) 

pca.Sample<-prcomp(Sample_2XY.scaled.2,retx=TRUE) 

pdf("Sample_plot.pdf") 
plot(pca.Sample$x) 
dev.off()

來源

2012-11-13 Tinu Thomas

@Julius：感謝您的正確的格式 –

[PCA Biplot：一種隱藏向量以清楚地查看所有數據點的方法]的可能重複（http://stackoverflow.com/questions/13367880/pca-biplot-a-way-to-hide-vectors-to-see -all-data-points-顯然） – mnel

下面標註這幾點做，密謀前兩個部分的簡單方法：

plot(pca.Sample$x[,1], pca.Sample$x[,2]) 
text(pca.Sample$x[,1], pca.Sample$x[,2], rownames(Sample), pos= 3)

通過順便說一下，您可以使用常規的設備，看在旅途中的故事情節，然後該設備中的內容複製到PDF：

dev.copy2pdf(file= "something.pdf")

來源

2012-11-13 22:08:48 January

感謝您的代碼。我試過上面的代碼。但是我的情節仍然沒有任何標籤。 'rownames（pca.Sample $ x） NULL'這意味着沒有rownames，因爲rownames（Sample）有rownames 1到90. –

只需使用rownames（Sample）。數據的順序在兩者中都是相同的。您可能希望在圖文件中使用pch =「」，這樣標籤不會疊印符號，或在文本（）中使用pos =參數放置在符號的下方，左側，上方或右側。 – dcarlson

@dcarlson：謝謝 –

Plotting PCA：標記數據點的方法

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