在python中用低級別rpy2創建R data.frame

我正在使用rpy2軟件包將一些R功能引入python。我在R中使用的函數需要一個data.frame對象，並使用rlike.TaggedList，然後使用robjects.DataFrame，我可以使這個工作。在python中用低級別rpy2創建R data.frame

但是我有性能問題，具有完全相同的數據，這使我嘗試使用rpy2低層次接口這裏提到比較完全相同的R裏面的函數時 - 到目前爲止http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.3/html/performances.html

我已嘗試：

使用TaggedList與FloatSexpVector對象而不是numpy數組和DataFrame對象。

通過使用字典這樣轉儲TaggedList和數據框類：

d = dict((var_name, var_sexp_vector) for ...) 
dataframe = robjects.r('data.frame')(**d)

兩人都沒有得到我任何明顯的加速。我已經注意到DataFrame對象可以在它們的構造函數中獲得一個rinterface.SexpVector，所以我曾想過創建一個這樣的命名向量，但我不知道如何放入名稱（在RI中知道它的正義名稱（vec）= c（'a'，'b'...））。

我該怎麼做？有另一種方法嗎？有沒有簡單的方法來分析rpy本身，所以我可以知道瓶頸在哪裏？

編輯：

下面的代碼似乎在較新的RPY工作的偉大（X4更快）（2.2.3）

data = ro.r('list')([ri.FloatSexpVector(x) for x in vectors])[0] 
data.names = ri.StrSexpVector(vector_names)

但是它不能在2.0.8版本（最後一個由windows支持），因爲R似乎不能夠使用以下名稱：「eval（expr，envir，enclos）中的錯誤：未找到對象'y'」

想法？

編輯＃2： 有人做建設rpy2.3二進制的Windows（Python 2.7版）的精細作業，所提到的（我的代碼幾乎快5233）的偉大工程與它

鏈接： https://bitbucket.org/breisfeld/rpy2_w32_fix/issue/1/binary-installer-for-win32

來源

2012-07-17 itai

最新發布的rpy2是2.2.6。不要使用2.0.8，不管原因。 – lgautier 2012-07-18 18:54:50

Python可能比R更快幾倍（即使是字節編譯的R），並且我設法用Rpy2對R數據結構執行的操作比R要快。共享相關的R和rpy2代碼將有助於提出更具體的建議（並在需要時改進rpy2）。

在此期間，SexpVector可能不是你想要的;它僅僅是所有R向量的抽象類（參見class diagram for rpy2.rinterface）。 ListSexpVector可能更合適：

import rpy2.rinterface as ri 
ri.initr() 
l = ri.ListSexpVector([ri.IntSexpVector((1,2,3)), 
         ri.StrSexpVector(("a","b","c")),])

一個重要的細節是在於R列表是遞歸數據結構，和R由具有操作者避免了鎖釦22型的情況「[[」（在addittion到「[」）。 Python沒有，我還沒有（尚未？）實現「[[」作爲低級別的方法。例如，可以使用模塊stdlib模塊cProfile完成Python中的分析。

來源

2012-07-17 17:17:29 lgautier

非常感謝您的回答。我知道cProfile ofcourse，我是要求最簡單的方法來剖析rpy的c-extension部分。關於解決方案的兩個問題 - 第一個在我的Windows機器上，我使用的是舊的rpy，它沒有ListSexpVector，第二個（在我的linux機器上測試），它似乎不工作，因爲我的數據是FloatSexpVectors的列表，我從R運行時錯誤「參數意味着不同的行數」 – itai 2012-07-18 10:44:14

今天檢查rpy2郵件列表。有一個鏈接到Win7最近的rpy2的貢獻版本。 – lgautier 2012-07-18 18:50:59

這是個好消息！我已經在爲自己做這件事了，這讓我省了很多工作......謝謝你們的支持！ – itai 2012-07-19 11:34:50

在python中用低級別rpy2創建R data.frame

回答

相關問題