numpy 1.9.0：ValueError：概率不等於1

Question

我有一個很大的代碼，在一個點上根據probability density function（PDF）的概率從一個數組中取樣值。

要做到這一點，我使用numpy.random.choice工作得很好，直到numpy 1.8.0。這裏有一個MWE（文件pdf_probs.txt可以下載here）：

import simplejson 
import numpy as np 

# Read probabilities from file. 
f = open('pdf_probs.txt', 'r') 
probs = simplejson.load(f) 
f.close() 

print sum(probs) # <-- Not *exactly* 1. but very close: 1.00000173042 
# Define array. 
arr = np.linspace(1., 100., len(probs)) 

# Get samples using the probabilities in probs. 
samples = np.random.choice(arr, size=1000, replace=True, p=probs) 

的事情是，與numpy 1.9.0測試之後，上面的代碼失敗，出現錯誤：

Traceback (most recent call last): 
    File "numpy_180_vs_190_np_random_choice.py", line 13, in <module> 
    samples = np.random.choice(arr, size=1000, replace=True, p=probs) 
    File "mtrand.pyx", line 1083, in mtrand.RandomState.choice (numpy/random/mtrand/mtrand.c:10106) 
ValueError: probabilities do not sum to 1 

的PDF概率之和將不會總和爲 1.給出使用非常小的浮標時出現的小偏差。

從我可以收集的numpy（1.8.0）的前一版本明顯比新的1.9.0版本有更大的容差，但我可能是錯的。

爲什麼它可以與numpy 1.8.0一起使用，但不能和1.9.0一起使用？我怎樣才能使我的代碼與新的1.9.0版本一起工作？

Answer 1

我認爲1.7e-6是一個足夠大的相對誤差值得抱怨。你可以很容易地重新歸一化不夠，不過，如果你自信的誤差可以忽略不計：

>>> probs = np.array(probs) 
>>> probs /= probs.sum() 
>>> probs.sum() 
1.0 
>>> samples = np.random.choice(arr, size=1000, replace=True, p=probs) 
>>> samples[:5] 
array([ 1.37635054, 1.1287515 , 1.7229892 , 19.8967587 , 2.07953181])