如何計算R中前10％的平均值

Question

我的數據集包含不同物種的多個觀察值。每個物種都有不同數量的觀察結果。在R中尋找一種快速方法來計算每種物種給定變量的前10％值的平均值。

我想出瞭如何獲得給定數量的值（即前20個值）。

clim6 <-setDT(range)[order(species, clim6),.SD[1:20],by=species] 
write.csv(Bioclimlo6, file = "clim6.csv") 

我也知道，有修剪的數據集生成其餘數據集的平均值的方式，但我不知道如何修剪只有底部90％。

mean(x, trim = 0, na.rm = FALSE) 

Answer 1

的值的前10％的平均數，使用基R：

x = c(1:100,NA) 
mean(x[x>=quantile(x, 0.9, na.rm=TRUE)], na.rm=TRUE) 

的值的前10％的平均值，由分組變量：

# Fake data 
dat = data.frame(x=1:100, group=rep(LETTERS[1:3], c(30,30,40))) 

隨着dplyr

library(dplyr) 

dat %>% group_by(group) %>% 
    summarise(meanTop10pct = mean(x[x>=quantile(x, 0.9)])) 

group meanTop10pct 
    (fctr)  (dbl) 
1  A   29.0 
2  B   59.0 
3  C   98.5 

隨着data.table

library(data.table) 

setDT(dat)[, list(meanTop10pct = mean(x[x>=quantile(x, 0.9)])), by=group] 

group meanTop10pct 
1:  A   29.0 
2:  B   59.0 
3:  C   98.5