Python - 爲什麼散佈matplotlib繪製具有負座標，具有正座標的點？

Question

所以在我的腳本中有一個很大的麻煩：我已經做了一個包含點，包含x，y和z座標的numpy數組。其中一些點具有負座標（對於x和/或y和/或z）。由於我不明白的原因，當我使用matplotlib中的函數scatter時，它繪製了所有具有正座標的點（這意味着如果座標爲負值，它將被繪製爲正值）：

所以我的問題很簡單：它爲什麼這樣做，以及如何繪製與負面座標正確的點？

這裏是我的兩個部分代碼：

#!/usr/bin/python 
# -*- coding: utf-8 -*- 

import Tkinter 
from matplotlib.backends.backend_tkagg import FigureCanvasTkAgg 
from matplotlib.figure import Figure 
import numpy as np 
import os 
import subprocess 
import Parse_Gro 

class windowsTk(Tkinter.Tk): 
    def __init__(self,parent): 
     Tkinter.Tk.__init__(self,parent) 
     self.parent = parent 
     self.f = Figure(figsize=(6, 6), dpi=100) 
     self.canevas = FigureCanvasTkAgg(self.f, master=self) 
     self.subplota= self.f.add_subplot(111) 
     self.RotateMatY= np.matrix([[np.cos(0.2*np.pi),0,np.sin(0.2*np.pi)],[0,1,0],[-np.sin(0.2*np.pi),0,np.cos(0.2*np.pi)]]) 
     self.RotateMatZ= np.matrix([[np.cos(0.2*np.pi),-np.sin(0.2*np.pi),0],[np.sin(0.2*np.pi),np.cos(0.2*np.pi),0],[0,0,1]]) 
     self.matrice=Parse_Gro.get_Coordinates() 
     self.initialize() 

    def initialize(self): 
     self.grid() 

     self.canevas.get_tk_widget().grid(column=0,row=0,columnspan=3) 

     button1 = Tkinter.Button(self,text=u"Rotate Right",command=self.ClickonRight) 
     button1.grid(column=2,row=2) 
     button2 = Tkinter.Button(self,text=u"Rotate Left",command=self.ClickonLeft) 
     button2.grid(column=0,row=2) 
     button3 = Tkinter.Button(self,text=u"Rotate Up",command=self.ClickonUp) 
     button3.grid(column=1,row=1) 
     button4 = Tkinter.Button(self,text=u"Rotate Down",command=self.ClickonDown) 
     button4.grid(column=1,row=3) 
     #Sort according to X coordinate (first column) 
     #self.matrice=np.sort(self.matrice, axis=0) 
     #Scatter Plot Test 
     self.subplota.scatter(self.matrice[:,1],self.matrice[:,2],c=self.matrice[:,0],s=self.matrice[:,0]*100) 

    def ClickonRight(self): 
     print"Right Rotation" 
    def ClickonLeft(self): 
     print"Left Rotation" 
    def ClickonUp(self): 
     print"Up Rotation" 
    def ClickonDown(self): 
     print"Down Rotation" 

if __name__ == "__main__": 
    app = windowsTk(None) 
    app.title('Visualisation 3D Proteine') 
    app.mainloop() 

這裏是代碼的在其他file.py第二部分：

#!/usr/bin/env python 
# -*- coding: utf-8 -*- 

import os 
import subprocess 
import numpy as np 

def get_Coordinates(): 

    path = raw_input("Enter a Path to your PDB file: ") 
    #Path Example :/home/yoann 
    os.chdir(path) 
    filename = raw_input("Enter the name of your PDB file: ") 
    #Filename Example : 5f4c.pdb 
    bashCommand = "gmx editconf -f {:s} -o output.gro -center 0 0 0 -aligncenter 0 0 0".format(filename) 
    process = subprocess.Popen(bashCommand.split(), stdout=subprocess.PIPE) 
    output = process.communicate()[0] 

    ListX=[] 
    ListY=[] 
    ListZ=[] 
    with open("/home/yoann/output.gro","r") as file: 
     lines = file.readlines() 
     for line in lines[2:-1:]: 
      ListX.append(float(line[22:28])) 
      ListY.append(float(line[30:36])) 
      ListZ.append(float(line[38:44])) 
    matrixCoord=np.column_stack([ListX,ListY,ListZ]) 

    return matrixCoord 

在這裏，我把文件的內容的一個例子紅色由函數get_Coordinate（）：

PUTATIVE CYTOPLASMIC PROTEIN 
1637 
    1MET  N 1 1.206 1.701 1.641 
    1MET  CA 2 1.077 1.663 1.575 
    2ASN  C 11 0.687 1.503 1.675 
    2ASN  O 12 0.688 1.495 1.550 

這裏我把什麼應該顯示程序：

乾杯！

Answer 1

對不起，因爲我把這條消息，我嘗試再次運行我的腳本，原因我仍然沒有得到它的作品！我在信息開始的時候捕獲的信息是好的。我想也許這是一個在Python中重新加載新數據的問題，也許我應該重新啓動一個會話，以使這些事情正確...所以，如果有人有同樣的問題，我會建議重新啓動您的Python會話（也許重新啓動您的計算機也）。這就是我所做的，它對我有用。 這裏的腳本可以免費使用，只需要很好，並在自述文件或源代碼中寫下一點便條，說明它們來自我（Yoann PAGEAUD）;）！ 謝謝大家！乾杯!

Answer 2

我讀您的問題爲：

爲什麼在負圓軸上進出頁面的座標看起來與它們的絕對值

我認爲你的問題是在這一行：

self.subplota.scatter(
    self.matrice[:,1], 
    self.matrice[:,2], 
    c=self.matrice[:,0], 
    s=self.matrice[:,0]*100 
) 

請記住，s是大小（以像素爲單位）。這不是3D支持。一個半徑爲-100的圓與半徑爲100的圓看起來非常相似。你應該找到你的數據的最小和最大值，然後根據它選擇圓圈大小。

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你有沒有考慮過使用mplot3d，並且只使用一個預先構建的3D繪圖窗口？