圖形工具中的頂點座標

Question

我想以高效的方式在圖形工具中指定圖形頂點的座標。

給定一個CSV它看起來像：

Node,X,Y 

1,2.5,3.8 

2,3.4,2.9 

...

我想圖形工具到頂點1的位置（2.5,3.8）等繪製...

一個非效率的解決方案如下： Explicit vertex position in python graph-tool，所以我基本上可以使用for循環遍歷所有的座標並將它們保存在屬性映射'pos'中。如果我的圖是「G」和我的CSV是在數據幀「座標」用熊貓看書，我可以這樣做：

for i in range(1,numnodes+1): 
    pos[g.vertex(i)] = (coordinates.values[i-1,1],coordinates.values[i-1,2]) 

的問題是，我的節點數目，numnodes大（〜10^7） ，這可能需要一些時間。

是否有更有效的方法來通過直接在屬性圖'pos'中輸入數據來執行此操作？

Answer 1

我發現一個回答我的問題，一個有效的方式做到這一點是使用。 set_2d_array（）函數;

pos.set_2d_array(coordinates[['X','Y']].values.T) 

有竅門。 這裏「.T」是轉置函數，是numpy庫的一部分。

Answer 2

我想試試這個：

pos = coordinates[['X','Y']].values 

如果graph-tool接受numpy的陣列，否則：

pos = [tuple(t) for t in coordinates[['X','Y']].values]