如何確定[R]

Question

中的名稱空間導入順序我需要清理R實例以將其返回到其啓動狀態。到目前爲止，我在做什麼是：

上啓動，記錄加載的包和命名空間

original_packages <- grep('^package:', search(), value = TRUE) 
original_namespaces <- loadedNamespaces() 

當我需要刷新的情況下，分離的每個裝包，它是不存在啓動：

for (pkg in grep('^package:', search(), value = TRUE)) { 
    if (! pkg %in% original_packages){ 
     detach(pkg, unload=TRUE, force=TRUE, character.only=TRUE) 
    } 
} 

的問題是，如果我裝一個包和一幫導入的命名空間，如GGPLOT2的，這些空間中保持加載，我必須卸載它們進口的順序，從高層次的下降。只是盲目地卸載它們是行不通的，因爲我得到「命名空間'x'由'y'，'z'導入，所以不能卸載」錯誤。

這裏是重複的例子：

original_packages <- grep('^package:', search(), value = TRUE) 
original_namespaces <- loadedNamespaces() 

library(ggplot2) 
library(plyr) 

loadedNamespaces() 

for (pkg in grep('^package:', search(), value = TRUE)) { 
    if (! pkg %in% original_packages){ 
     detach(pkg, unload=TRUE, force=TRUE, character.only=TRUE) 
    } 
} 

for (ns in loadedNamespaces()) { 
    if (! ns %in% original_namespaces){ 
     unloadNamespace(ns) 
    } 
} 

是否有某種方式來弄清楚命名空間層次進口？如果是這樣，那麼我應該能夠正確地命令最後一個循環...

Answer 1

由於@Josh O'Brien提到，通過分離或卸載名稱空間無法獲得乾淨的環境。

但在這裏回答你的問題是一個簡單的方法，通過使用tools:::dependsOnPkgs卸載以正確的順序所有命名空間：

## params: originalNamespaces is a list of namespaces you want to keep 
cleanNamespaces <- function(originalNamespaces) { 

    ## which namespaces should be removed? 
    ns <- setdiff(loadedNamespaces(), originalNamespaces) 

    ## get dependency list 
    dep <- unlist(lapply(ns, tools:::dependsOnPkgs)) 

    ## append namespaces to guarantee to fetch namespaces with 
    ## no reverse dependencies 
    ns <- c(dep, ns) 

    ## get namespace names in correct order to unload without errors 
    ns <- names(sort(table(ns), decreasing=TRUE)) 

    ## only unload namespaces which are attached 
    ns <- ns[ns %in% loadedNamespaces()] 

    ## unload namespaces 
    invisible(sapply(ns, unloadNamespace)) 
} 

Answer 2

好吧，我已經把一個hacky解決方案扔到一個公認的hacky需要。任何建議如何更好地做到這一點，將不勝感激。特別是，我不太滿意全局namespace_depths對象的<<-賦值。

original_packages <- grep('^package:', search(), value = TRUE) 
original_namespaces <- loadedNamespaces() 

library(ggplot2) 
library(plyr) 

loadedNamespaces() 

new_packages <- Filter(function(pkg) { ! pkg %in% original_packages }, grep('^package:', search(), value = TRUE)) 

new_namespaces <- Filter(function(ns) { ! ns %in% original_namespaces }, loadedNamespaces()) 

get_imports <- function(ns, depth) { 

    imports <- Filter(function(ns) { ! ns %in% original_namespaces }, names(getNamespaceInfo(ns, 'imports'))) 
    if (length(imports) == 0) { 
     if (is.null(namespace_depths[[ns]]) || namespace_depths[[ns]] < depth){ 
      namespace_depths[[ns]] <<- depth 
     } 
     return() 
    } 
    for (imported_ns in imports){ 
     get_imports(imported_ns, depth + 1) 
    } 
    if (is.null(namespace_depths[[ns]]) || namespace_depths[[ns]] < depth){ 
     namespace_depths[[ns]] <<- depth 
    } 
} 

namespace_depths <- list() 
sapply(new_namespaces, get_imports, 0) 

for (ns in names(namespace_depths)[order(unlist(namespace_depths))]) { 
    if (! ns %in% original_namespaces){ 
     unloadNamespace(ns) 
    } 
} 

for (pkg in new_packages){ 
    detach(pkg, unload=TRUE, force=TRUE, character.only=TRUE) 
}