在python中繪製3d矢量（陣列）

Question

使用numpy數據包i生成的矢量（數組）包含蛋白質中幾個原子的x，y，z座標。我想繪製這些向量。

有誰知道如何做到這一點？ 由於我便無法畫出陣列本身，我試圖繪製與一個環的原子的配位如下：

from matplotlib import pyplot as pot 
import matplotlib as mpl 
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 
import numpy as np 
for i in range(3): 
    plt.plot(atom1[i],atom2[i]) 

在這種情況下我得到了以下錯誤消息：類型錯誤：類型的對象「浮動「沒有LEN（）

我感謝所有幫助:)

Answer 1

錯誤發生，因爲plt.plot(x, y)預計x和y是列表或數組具有長，而你給了它一個浮動。您可以通過在方括號內附上[atom1[i]]使其成爲一個列表來避免這種情況。

但是，通常最好避免這種情況，因爲它不清楚發生了什麼。不是循環通過每個原子，而是將它們全部粘合到一個數組中，然後繪製數組的列。您甚至可以在創建原子時發現，只要首先在數組中創建原子即可。例如：

from matplotlib import pyplot as plt 
import matplotlib as mpl 
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 
import numpy as np 

# Define several atoms, these are numpy arrays of length 3 
# randomly pulled from a uniform distribution between -1 and 1 

atom1 = np.random.uniform(-1, 1, 3) 
atom2 = np.random.uniform(-1, 1, 3) 
atom3 = np.random.uniform(-1, 1, 3) 
atom4 = np.random.uniform(-1, 1, 3) 

# Define a list of colors to plot atoms 

colors = ['r', 'g', 'b', 'k'] 

# Here all the atoms are stacked into a (4, 3) array 
atoms = np.vstack([atom1, atom2, atom3, atom4]) 

ax = plt.subplot(111, projection='3d') 

# Plot scatter of points 
ax.scatter3D(atoms[:, 0], atoms[:, 1], atoms[:, 2], c=colors) 

plt.show() 

我添加了顏色，因爲它有助於查看哪個原子是哪個。