如何使[R腳本從管道和用戶給定參數

輸入我有下列R-腳本（myscript.r）如何使[R腳本從管道和用戶給定參數

#!/usr/bin/env Rscript 
dat <- read.table(file('stdin'), sep=" ",header=FALSE) 
# do something with dat 
# later with user given "param_1"

隨着該腳本，我們可以運行它通過以下方式;

$ cat data_no_*.txt | ./myscript.r

我想要做的是使腳本需要額外的參數來自用戶：

$ cat data_no_*.txt | ./myscript.r param_1

我應該怎麼做修改myscript.r，以適應？

來源

2014-10-02 neversaint

對於非常基本的用法，看看?commandArgs。

對於更復雜的用法，用於命令行參數和選項解析的兩個流行包爲getopt和optparse。我一直使用它們，他們完成了工作。我也看到argparse,argparser和GetoptLong，但從未使用過。我錯過了一個：德克建議你看看docopt這看起來非常好，易於使用。

最後，由於您似乎在通過管道傳遞參數，因此您可能會發現這個OpenRead()函數有助於推廣代碼並允許您的參數成爲管道或文件。

我想測試docopt所以把他們放在一起，你的腳本可能會是這樣的：

#!/usr/bin/env Rscript 

## Command-line parsing ## 

'usage: my_prog.R [-v -m <msg>] <param> <file_arg> 

options: 
-v  verbose 
-m <msg> Message' -> doc 

library(docopt) 
opts <- docopt(doc) 

if (opts$v) print(str(opts)) 
if (!is.null(opts$message)) cat("MESSAGE: ", opts$m) 

## File Read ## 

OpenRead <- function(arg) { 
    if (arg %in% c("-", "/dev/stdin")) { 
     file("stdin", open = "r") 
    } else if (grepl("^/dev/fd/", arg)) { 
     fifo(arg, open = "r") 
    } else { 
     file(arg, open = "r") 
    } 
} 

dat.con <- OpenRead(opts$file_arg) 
dat <- read.table(dat.con, sep = " ", header = FALSE) 

# do something with dat and opts$param

而且你可以試運行：

echo "1 2 3" | ./test.R -v -m HI param_1 -

或

./test.R -v -m HI param_1 some_file.txt

來源

2014-10-02 01:47:54 flodel

你真的*想看看我s更聰明[dococt]（http://cran.r-project.org/package=doctopt）軟件包---但是，你仍然需要一個程序來讀取它們，而'r'敲擊'Rscript'在我的書中... – 2014-10-02 02:02:03

固定鏈接：[docopt]（http://cran.r-project.org/web/packages/docopt/index.html）。確實很有趣，主要來自易用性。但一眼看去，我覺得它沒有那麼多的花裏胡哨。 – flodel 2014-10-02 02:12:20

感謝您接收錯字。經過多年的getopt（以及相關的C/C++庫）後，我開始使用docu。 – 2014-10-02 02:13:51

我們通過r可執行文件構建littler來支持該功能。

看看它的例子，它可能適合你的賬單。

來源

2014-10-02 01:04:29

如何使[R腳本從管道和用戶給定參數

回答

相關問題