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我目前正在編寫一個使用Blast的-outfmt 10選項的庫，該選項爲您提供CSV而不是可讀的人類可讀格式。從blast數據庫名稱獲取fasta源文件
像
tblastn -db dmel_a -query somequery.faa -outfmt 10
的問題是，我要訪問數據庫的源文件，所以我可以處理後提取一些序列。我知道如何做到這一點的唯一方法是使用刪除-outfmt 10並運行兩次。然後我分析了這行的人可讀輸出：
Database: Source.fas
但是，如果在makeblastdb創建數據庫時未指定title的是，纔有效。無論如何，outfmt 10的stitle似乎是fasta標題行。我不能只查找數據庫名稱，然後輸入.fna, .fas, .faa，因爲您可以將數據庫命名爲與源文件不同的名稱。
是否有另一種方法從blast數據庫名稱中提取fasta源文件？我在outfmt選項列表中看不到一個。還是我今天失明瞭？
這個問題最好問這裏：http：//www.biostars.org/ - 哪裏更可能得到答案。 – PhiS
謝謝。我去做 – Nate