構建網絡的相關矩陣

Question

我已經在R中使用MixOmics包進行兩個矩陣（典型相關分析），並且我有一個結果相關矩陣。我想從所得結果中建立一個相關網絡。我早些時候曾想過使用基因組相關分析軟件包，但我不知道如何安裝它，並且沒有通過互聯網來源將其安裝在R（http://www.biostat.wisc.edu/~kendzior/GSCA /）。

你也可以建議什麼其他包我可以用來建立與相關矩陣作爲輸入網絡？我想到了Rgraphviz，但不知道它是否可行。

Answer 1

在https://stackoverflow.com/a/7600901/567015

的qgraph包大多是複製這個答案從我以前的答案大部分是用來可視化相關矩陣作爲網絡。這將繪製變量作爲節點和相關性作爲連接節點的邊緣。綠色邊緣表示正相關，紅色邊緣表示負相關。邊緣越寬和越飽和，絕對相關性越強。

例如（這是幫助頁面的第一個示例），以下代碼將繪製240個變量數據集的相關矩陣。

library("qgraph") 
data(big5) 
data(big5groups) 
qgraph(cor(big5),minimum=0.25,cut=0.4,vsize=2,groups=big5groups,legend=TRUE,borders=FALSE) 
title("Big 5 correlations",line=-2,cex.main=2) 

您也可以集羣密切相關節點連接在一起（使用Fruchterman-萊因戈爾德），它會創建一個什麼樣的相關矩陣的結構實際上看起來像一個相當清晰的圖像：

詳細介紹看看http://www.jstatsoft.org/v48/i04/paper

Answer 2

您可能還想看看CRAN上的network和sna軟件包。兩者都包含用於將矩陣轉換爲網絡數據對象的工具。