2013-08-26 68 views
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我試圖通過使用R Studio對一組數據使用不同類型的棲息地進行地面嵌套小雞的組分分析。它開始處理,但永不停止。我必須手動停止處理或殺死R Studio。 (相同的結果在R.)用於成分分析的Compana函數在R中凍結

我正在使用adehabitatHS軟件包中的campana功能。從adehabitat我可以運行示例雉雞和松鼠數據沒有任何問題。 (我已經嘗試從兩個包中調用坎帕納,結果相同。)

對於每個小雞,可用棲息地因其作爲巢穴周圍的緩衝區而變化。

我的數據 這是每隻雞可用的棲息地:

grass fallow.plot oil.seed.rape spring.barley winter.wheat maize other.crops other woodland hedgerow 
1 23.35  7.53   45.75   0.00   0.00 0.00  0.00 0.00 23.37  0.00 
2 86.52  10.35   0.00   0.00   1.24 0.00  0.00 1.89  0.00  0.00 
3 5.18  10.33   28.36   38.82   0.00 0.00  17.17 0.14  0.00  0.00 
4 4.26  18.32   27.31   32.66   3.82 0.00  0.00 5.02  5.52  3.09 
5 4.26  18.32   27.31   32.66   3.82 0.00  0.00 5.02  5.52  3.09 
6 12.52  10.35   0.00   0.00   0.00 18.02  43.59 13.15  2.37  0.00 
7 21.41  11.56   59.25   0.00   0.00 0.00  0.00 5.82  0.00  1.96 
8 21.41  11.56   59.25   0.00   0.00 0.00  0.00 5.82  0.00  1.96 
9 36.17  16.93   0.00   30.14   0.00 0.00  0.00 7.08  9.68  0.00 
10 0.00  12.17   26.49   0.00   3.99 55.77  0.00 1.58  0.00  0.00 
11 0.00  10.27   67.41   1.93  18.30 0.00  0.00 1.18  0.00  0.91 
12 2.66  5.38   0.00   14.39  54.06 0.00  8.40 3.83  7.84  3.44 
13 2.66  5.38   0.00   14.39  54.06 0.00  8.40 3.83  7.84  3.44 
14 84.22  8.00   0.00   0.00   0.00 2.90  0.00 0.22  3.84  0.82 
15 84.22  8.00   0.00   0.00   0.00 2.90  0.00 0.22  3.84  0.82 
16 86.85  13.04   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 0.11  0.00  0.00 
17 86.85  13.04   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 0.11  0.00  0.00 
18 86.85  13.04   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 0.11  0.00  0.00 
19 86.85  13.04   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 0.11  0.00  0.00 
20 21.41  8.11   0.47   8.08   0.00 0.00  56.78 2.26  0.00  2.89 

這是用來棲息地(MCP):

grass fallow.plot oil.seed.rape spring.barley winter.wheat maize other.crops other woodland hedgerow 
1 41.14  58.67   0.19   0.00   0.00 0.00  0.00 0.00  0  0.0 
2 35.45  64.55   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 0.00  0  0.0 
3 10.10  60.04   7.72   21.37   0.00 0.00  0.00 0.77  0  0.0 
4 0.00  44.55   0.00   50.27   0.00 0.00  0.00 5.18  0  0.0 
5 2.82  48.48   44.80   0.00   0.00 0.00  0.00 0.00  0  3.9 
6 0.00  0.00   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 100.00  0  0.0 
7 0.00  87.41   12.59   0.00   0.00 0.00  0.00 0.00  0  0.0 
8 0.00  83.59   16.41   0.00   0.00 0.00  0.00 0.00  0  0.0 
9 0.00  100.00   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 0.00  0  0.0 
10 0.00  18.93   0.00   0.00   0.00 81.07  0.00 0.00  0  0.0 
11 0.00  100.00   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 0.00  0  0.0 
12 0.00  22.79   0.00   0.00  77.13 0.00  0.00 0.08  0  0.0 
13 0.00  0.00   0.00   0.00  100.00 0.00  0.00 0.00  0  0.0 
14 54.60  44.97   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 0.43  0  0.0 
15 62.86  36.57   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 0.57  0  0.0 
16 11.15  88.10   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 0.75  0  0.0 
17 20.06  79.62   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 0.32  0  0.0 
18 38.64  60.95   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 0.41  0  0.0 
19 3.81  95.81   0.00   0.00   0.00 0.00  0.00 0.38  0  0.0 
20 0.00  3.56   0.00   0.00   0.00 0.00  96.44 0.00  0  0.0 

我都試過參數和隨機測試與相同的結果。我正在運行的代碼:

habuse <- compana(used, avail, test = "randomisation",rnv = 0.001, nrep = 500, alpha = 0.1) 
habuse <- compana(used, avail, test = "parametric") 

任何想法,我哪裏出錯了?

回答

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我發現了我自己問題的答案。對於使用的數據,函數將用您指定的值替換0值(在我的情況下爲0.001)。但它不會取代可用數據中的0值,也不會喜歡它們。

我用可用表格中的0.001替換了所有的0,調整了其他值並使用了函數。