NA值是否打破ggplot2熱圖？

我使用ggplot2生成熱圖，但NA值導致熱圖全部變爲一種顏色。NA值是否打破ggplot2熱圖？

實施例數據幀：

id<-as.factor(c(1:5)) 
year<-as.factor(c("Y13", "Y14", "Y15")) 
freq<-c(26, 137, 166, 194, 126, 8, 4, 76, 20, 92, 4, NA, 6, 6, 17) 
test<-data.frame(id, year, freq) 

    test 

    id year freq 
    1 Y13 26 
    2 Y14 137 
    3 Y15 166 
    4 Y13 194 
    5 Y14 126 
    1 Y15 8 
    2 Y13 4 
    3 Y14 76 
    4 Y15 20 
    5 Y13 92 
    1 Y14 4 
    2 Y15 NA 
    3 Y13 6 
    4 Y14 6 
    5 Y15 17

我用於熱圖以下：

# set color palette 
jBuPuFun <- colorRampPalette(brewer.pal(n = 9, "RdBu")) 
paletteSize <- 256 
jBuPuPalette <- jBuPuFun(paletteSize) 

# heatmap 

ggplot(test, aes(x = year, y = id, fill = freq)) + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1, vjust = 0.5)) + 
    geom_tile() + 
    scale_fill_gradient2(low = jBuPuPalette[1], 
         mid = jBuPuPalette[paletteSize/2], 
         high = jBuPuPalette[paletteSize], 
         midpoint = (max(test$freq) + min(test$freq))/2, 
         name = "Number of Violations")

結果是灰色，在整個熱圖。

當我從數據框中刪除「NA」時，heatmap呈現正確。

我已經專門指定顏色TH「NA」值（例如，通過

scale_fill_gradient2(low = jBuPuPalette[1], 
         mid = jBuPuPalette[paletteSize/2], 
         high = jBuPuPalette[paletteSize], 
         na.value="yellow", 
         midpoint = (max(test$freq) + min(test$freq))/2, 
         name = "Number of Violations")

然而，這只是取得了全熱圖黃色與此實驗。

我缺少的東西？。很明顯任何建議都讚賞

感謝

來源

2015-04-06 wallisthedog

嘗試運行剛剛行'分鐘（測試$頻率）'或'MAX（測試$頻率）'您使用設置調色板的中點。用'na.rm = T'試試......我不能在沒有'jBuPuPalette'的情況下測試，但我猜測這是你的問題。 – Gregor

@Gregor。謝謝 - 你撞到了頭上。 na.rm = TRUE工作。非常感激。 – wallisthedog

評論回答：

ggplot處理NA很好，但如果向量包含任何NA，min和max的默認值將返回NA。你只需要設置na.rm = TRUE這些時，您可以在定義範圍的中間點：

midpoint = (max(test$freq, na.rm = TRUE) + min(test$freq, na.rm = TRUE))/2,

來源

2015-04-06 22:50:10 Gregor

NA值是否打破ggplot2熱圖？

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