試圖在同一個腳本

所以我有影像學資料完成分析我的代碼分析後，將數據移動到一個新的目錄。此代碼工作正常，但數據未輸出到正確的文件夾中。相反，它輸出的文件夾太高。這事我當然希望從長遠看來解決，但因爲我在一定的時間限制，我想輸入代碼到我的腳本，將只需將文件移動到我創建了正確的文件夾/目錄。我已經嘗試了mv和shutil命令，但它們似乎並沒有工作。如果有人提出瞭如何解決/改進將這些文件移動到正確位置的方法，我將不勝感激。如果有人對文件被輸出到錯誤目錄的原因提出建議，那將會很棒。我對編碼比較陌生，沒有專家，所以請原諒任何明顯的錯誤。謝謝。試圖在同一個腳本

這是我建立了我的目錄

subject_dir = os.getcwd() 
dti_dir = os.path.abspath(os.path.join(subject_dir, 'dti')) 
dti_input_dir = os.path.abspath(os.path.join(dti_dir, 'input'))

這是我進了幾個快捷鍵

eddy_prefix = 'eddy' 
input_path  = dti_input_dir 
output_prefix = 'dtifit' 
output_path  = '../dti/dtifit' 
output_basename = os.path.abspath(os.path.join(dti_dir, output_path)) 
infinite_path = os.path.join(os.getenv('INFINITE_PATH'), 'infinite') 
dti30 = 'dti30.nii.gz' 
dti30_brain = 'bet.b0.dti30.nii.gz' 
dti30_mask = 'bet.b0.dti30_mask.nii.gz'

這是我跑我的測試。

測試正在運行，但我的數據在dti_dir被outpputed而不是output_basename（這是我的第二個問題）

dti = fsl.DTIFit() 
dti.inputs.dwi = os.path.join(input_path, eddy_prefix + '.nii.gz') 
dti.inputs.bvecs = os.path.join(input_path, eddy_prefix + '.eddy_rotated_bvecs') 
dti.inputs.bvals = os.path.abspath(os.path.join(infinite_path, 'dti30.bval')) 
dti.inputs.base_name = output_basename 
dti.inputs.mask = os.path.join(input_path, dti30_mask) 
dti.cmdline

創建輸出目錄，如果不存在。

這是工作的罰款，並在適當的位置創建的目錄。

if not os.path.exists(output_basename): 
    os.makedirs(output_basename) 

print('DTI Command line') 
print(dti.cmdline) 

res = dti.run() 

exit() 

print('DTIFIT Complete!')

在這裏，我試圖移動文件，我得到的錯誤：即使IOError: [Errno 2] No such file or directory:我知道文件存在

src = dti_dir 
dst = output_basename 

files = os.listdir(src) 

for f in files: 
    if (f.startswith("dtifit_")): 
     shutil.move(f, dst)

來源

2017-04-11 The-Neuroscientist

你的問題是最有可能在第一行。您可能希望將其更改爲更準確，指向一個確切的目錄而不是os.getcwd()。 os.getcwd()將指向無論何處執行進程，無論你何時啓動python運行，所以它可能會改變。您可能想要以某種方式對其進行硬編碼。

例如，你可以使用這樣的事情，以指向該文件住在目錄： Find current directory and file's directory

你可以考慮做的是打印出你的最後幾行dst，看它是否是另一回事你期望什麼。你也可以使用PDB檢查現場該值： https://pymotw.com/2/pdb/

編輯：

您的問題是使用相對路徑與shutil.move()。您應該確保該路徑是絕對的，請看到這個答案的詳細信息：

計算器。com/a/22230227/7299836

來源

2017-04-11 19:57:17

嗨克里斯托弗，感謝您的快速響應。對於你的建議的第一部分，我忘了提一件事（對此很新穎）。我有大約200組數據運行此代碼，因此我使用正確的文件創建了一個.txt文件，以便os.getcwd（）進入其中。然後我在我的命令窗口中的for循環中運行它。它看起來像這樣：for $ in（cat dtifit_test.txt）;做cd $ {INFINITE_MRI_DATA}/$ {ii}; nohup nipype_dtifit.py;完成。關於你的第二部分，我並打印變量，它們是什麼，我希望他們能。我也會考慮PDB謝謝你！ –

也許看看這個答案： http://stackoverflow.com/a/22230227/7299836 基本上，shutil期望文件的完整路徑，而不僅僅是你傳入的文件名！ –

謝謝！這個鏈接非常好，我可以修復它。我沒有意識到我也需要文件的完整路徑。 –

試圖在同一個腳本

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