2015-11-20 56 views
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我想評估python(2.7)中numexpr模塊的性能。爲此,我創建了一個大小爲(10^5,10^5)的隨機稀疏矩陣。但是,下面的腳本已經在表達式求值步驟中引發了錯誤,表示它不能識別對象類型。Numexpr無法識別float類型(稀疏矩陣)

我在做什麼錯?

代碼:

import timeit 
import scipy.sparse as sps 
import numpy as np 
import numexpr as ne 

test_matrix = sps.rand(1e4, 1e4, density=0.01, format='coo', dtype = np.float32) 
ne.evaluate('sum(test_matrix, axis = 1)') 

setup = 'import numexpr as ne; import numpy as np' 
print min(timeit.Timer('ne.evaluate(sum(test_matrix, axis = 1))', setup=setup).repeat(7, 1000)) 

錯誤:

回溯(最近通話最後一個):

File "benchmark_expressmath.py", line 19, in <module> 
ne.evaluate('sum(test_matrix, axis = 1)') 
File "C:\Users\blahblah\AppData\Local\Continuum\Anaconda\lib\site-packages\numexpr\necompiler.py", line 756, in evaluate 
signature = [(name, getType(arg)) for (name, arg) in zip(names, arguments)] 
File "C:\Users\blahblah\AppData\Local\Continuum\Anaconda\lib\site-packages\numexpr\necompiler.py", line 654, in getType 
raise ValueError("unknown type %s" % a.dtype.name) 
ValueError: unknown type object 

回答

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numexpr預計變量是numpy的陣列。它不處理scipy的稀疏矩陣。 (例如,請參閱此電子郵件主題:http://numpy-discussion.10968.n7.nabble.com/ANN-numexpr-2-3-final-released-td36154.html

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您是否知道可以處理稀疏矩陣的任何類似的Python包? –

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有pysparse,但我沒有嘗試過,我不知道它的性能如何與scipy比較。 –

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pysparse不AFAIK具有類似數字的功能。 –