Dendropy interop和numpy數組

Question

我目前正在嘗試與python Dendropy庫一起工作，並在代碼中包含一些PAUP命令。

我有矩陣作爲numpy數組，但它看起來像numpy數組和這個模塊有問題。

***Distance matrix A (Numpy array)*** 

[[ 0 2 7 8 16 17] 
[ 2 0 5 6 17 16] 
[ 7 5 0 9 15 13] 
[ 8 6 9 0 18 16] 
[16 17 15 18 0 5] 
[17 16 13 16 5 0]] 

我試圖transfrom的numpy的陣列使用，以numpy的矩陣：A=numpy.matrix(A)

import dendropy 
from dendropy.interop import paup  

#A is a distance matrix like this  

tree = paup.estimate_tree(A, 'nj') 

我得到的錯誤是：AttributeError: 'matrix' object has no attribute 'write_to_stream'

或：

AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'write_to_stream' 

任何幫助，將不勝感激。

Answer 1

我從來沒有用過DendroPy，但它是從你報告的錯誤很明顯，並從快看DendroPy文檔（如http://packages.python.org/DendroPy/tutorial/chars.html和http://packages.python.org/DendroPy/tutorial/paup.html）是estimate_tree預計某種CharacterMatrix對象（DendroPy中定義的類），而不是一個NumPy數組或矩陣。