如果我只有netcdf3工具，如何讀取netcdf4數據？

1. 我的學校集羣管理員說：如果我們加載netcdf4模塊，那麼我們就無法加載netcdf3模塊。於是，他拒絕更新netcdf4
我有一個.nc文件，這是一個netcdf4文件，我想，我需要將其加載到R.
1. 在我們集羣中的R上，只安裝了RNetCDF包。它無法讀取上述.nc文件。 ncdf4包不在那裏。（我嘗試安裝它，它說，它需要的版本4的NetCDF庫，當然我沒有sudo）
在蟒蛇，（我不知道知道爲什麼）我可以加載netcdf4文件。我不知道我是否可以使用這個（它保存在創建NetCDF 3格式？）幫我加載R.

這樣的數據，我應該怎麼辦？如果我只有netcdf3工具，如何讀取netcdf4數據？

管理員不想切換到netcdf4模塊，因此它似乎我（或他）不能R.
一些nc數據的安裝包ncdf4直接從一些網站上下載，一些nc文件來自python中xarray包的輸出（並且xarray的netcdf輸出在版本4中）。

2016-11-17 breezeintopl

HDF5可以閱讀netCDF4 ... –

感謝@DavidLeBauer！這有助於。我用google搜索這個帖子：https：//www.r-bloggers.com/working-with-hdf-files-in-r-example-pathfinder-sst-data/，它使用R中的rhdf5包來讀取nc4文件。 – breezeintopl

使用xarray，您可以在調用to_netcdf時通過指定format='NETCDF3_CLASSIC'來控制保存的文件的版本。因此，一個簡單的解決辦法可能是使用xarray，例如，

ds = xarray.open_dataset(path) 
ds.to_netcdf(dest, format='NETCDF3_CLASSIC')

來源

2016-11-17 02:19:56 shoyer

好吧，我收到了一條錯誤消息：RuntimeError：NetCDF：一個或多個變量大小違反格式約束。所以，也許是因爲數據集太大（5.2G）？ – breezeintopl

事實上，netCDF3是一種非常古老的（32位）文件格式 - 它在任何情況下都不支持大於4GB的可變大小。 – shoyer

謝謝！這是有幫助的，因爲即使我可以使用上面的'rhdf5'包加載這些數據，時間（日期）缺失，只顯示「0,1,2,3,4,5 ...」，它顯示了一些像「使用64位而不會丟失信息」的錯誤... – breezeintopl

如果我只有netcdf3工具，如何讀取netcdf4數據？

回答

相關問題