Python3 - 遍歷行，然後一些列打印文本

我有一個熊貓數據幀，看起來是這樣的：Python3 - 遍歷行，然後一些列打印文本

  0     1     2    3 \ 
0 UICEX_0001 path/to/bam_T.bam path/to/bam_N.bam  chr1:10000 
1 UICEX_0002 path/to/bam_T2.bam path/to/bam_N2.bam chr54:4958392 

       4 
0 chr4:4958392 
1   NaN

我的每一行和打印文本輸出另一個程序試圖循環。我需要打印前三列（以及其他一些文本），然後再查看其餘列，並根據它們是否爲NaN打印不同的東西。

這個作品大多：

當前代碼

def CreateIGVBatchScript(x): 
    for row in x.iterrows(): 
     print("\nnew") 
     sample = x[0] 
     bamt = x[1] 
     bamn = x[2] 
     print("\nload", bamt.to_string(index=False), "\nload", bamn.to_string(index=False)) 
     for col in range(3, len(x.columns)): 
      position = x[col] 
      if position.isnull().values.any(): 
       print("\n") 
      else: 
       position = position.to_string(index=False) 
       print("\ngoto ", position, "\ncollapse\nsnapshot ", sample.to_string(index=False), "_", position,".png\n") 

CreateIGVBatchScript(data)

但輸出看起來是這樣的：

實際輸出

new 
load path/to/bam_T.bam 
path/to/bam_T2.bam 
load path/to/bam_N.bam 
path/to/bam_N2.bam 

goto chr1:10000 
chr54:4958392 
collapse 
snapshot UICEX_0001 **<-- ISSUE: it's printing both rows at the same time** 
UICEX_0002 _ chr1:10000 
chr54:4958392 .png 

new 

load path/to/bam_T.bam 
path/to/bam_T2.bam 
load path/to/bam_N.bam 
path/to/bam_N2.bam 

goto chr1:10000 
chr54:4958392 
collapse 
snapshot UICEX_0001 **<-- ISSUE: it's printing both rows at the same time** 
UICEX_0002 _ chr1:10000 
chr54:4958392 .png

的第一部分看起來不錯，但是當我開始遍歷列時，所有行都被打印出來。我似乎無法弄清楚如何解決這個問題。這是我希望這些部件之一的樣子：

部分通緝輸出

goto chr1:10000 
collapse 
snapshot UICEX_0001_chr1:10000.png 
goto chr54:4958392 
collapse 
snapshot UICEX_0001_chr54:495832.png

的額外信息 順便說一句，我其實想從R腳本，以適應這更好地學習Python。這裏的R代碼，以防萬一：

CreateIGVBatchScript <- function(x){ 
    for(i in 1:nrow(x)){ 
      cat("\nnew") 
      sample = as.character(x[i, 1]) 
      bamt = as.character(x[i, 2]) 
      bamn = as.character(x[i, 3]) 
      cat("\nload",bamt,"\nload",bamn) 
      for(j in 4:ncol(x)){ 
       if(x[i, j] == "" | is.na(x[i, j])){ cat("\n") } 
       else{ 
        cat("\ngoto ", as.character(x[i, j]),"\ncollapse\nsnapshot ", sample, "_", x[i,j],".png\n", sep = "") 
       } 
      } 
    } 
    cat("\nexit") 
} 
CreateIGVBatchScript(data)

來源

2016-10-14 Gaius Augustus

我已經想出了答案。這裏有幾個問題：

我錯誤地使用了iterrows()。

iterrows對象實際上包含來自行的信息，然後可以使用索引來保存該系列中的值。

for index, row in x.iterrows(): 
    sample = row[0]

將該行中保存的值在列0

遍歷列

此時，可以使用一個簡單的for循環，就像我在迭代列時一樣。

for col in range(3, len(data.columns)): 
    position = row[col]

允許您保存該列的值。

最終Python代碼是：

def CreateIGVBatchScript(x): 
    x=x.fillna(value=999) 
    for index, row in x.iterrows(): 
     print("\nnew", sep="") 
     sample = row[0] 
     bamt = row[1] 
     bamn = row[2] 
     print("\nload ", bamt, "\nload ", bamn, sep="") 
     for col in range(3, len(data.columns)): 
      position = row[col] 
      if position == 999: 
       print("\n") 
      else: 
       print("\ngoto ", position, "\ncollapse\nsnapshot ", sample, "_", position, ".png\n", sep="") 

CreateIGVBatchScript(data)

答案用下述帖子指導：

來源

2016-10-17 18:43:05

Python3 - 遍歷行，然後一些列打印文本

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