使用`jitterdodge`時，在ggplot中對齊點和誤差線

以下可重複數據包含每個動物（貓和狗）對於兩個協變量（cov1和cov2）以及它們各自的誤差的每個季節（夏季和冬季）的50個觀測值估計（SE）。使用`jitterdodge`時，在ggplot中對齊點和誤差線

library(ggplot2); library(dplyr); library(tidyr) 
set.seed(123) 
dat <- data.frame(Season = rep(c("Summer", "Winter"), each = 100), 
        Species = rep(c("Dog", "Cat", "Dog", "Cat"), each = 50), 
        cov1 = sample(1:100, 200, replace = TRUE), 
        cov1SE = rnorm(200), 
        cov2 = sample(1:100, 200, replace = TRUE), 
        cov2SE = rnorm(200)) 

head(dat) 
    Season Species cov1  cov1SE cov2  cov2SE 
1 Summer  Dog 29 -0.71040656 24 -0.07355602 
2 Summer  Dog 79 0.25688371 69 -1.16865142 
3 Summer  Dog 41 -0.24669188 23 -0.63474826 
4 Summer  Dog 89 -0.34754260 32 -0.02884155 
5 Summer  Dog 95 -0.95161857 18 0.67069597 
6 Summer  Dog 5 -0.04502772 81 -1.65054654

下面我收集的數據爲長格式ggplot

EstLong <- dat %>% gather(Cov, Estimate, c(cov1, cov2)) 
SE <- dat %>% gather(Cov, SE, c(cov1SE, cov2SE)) 
datLong <- EstLong[ , c(1,2,5,6)] 
datLong$SE <- SE[ , 6] 

head(datLong) 
    Season Species Cov Estimate   SE 
1 Summer  Dog cov1  29 -0.71040656 
2 Summer  Dog cov1  79 0.25688371 
3 Summer  Dog cov1  41 -0.24669188 
4 Summer  Dog cov1  89 -0.34754260 
5 Summer  Dog cov1  95 -0.95161857 
6 Summer  Dog cov1  5 -0.04502772

我試圖繪製所有點和正在使用position_jitterdodge躲閃和抖動點（如this SO post建議），但不能如下所示將誤差線與相應的點正確對齊。 position_dodge正確對齊點和誤差線，但需要jitter以減少沿x軸的重疊。任何建議將不勝感激。

Jit <- position_jitterdodge(dodge.width=0.4) 

ggplot(datLong, aes(y = Estimate, x = Cov, color = Species)) + 
    geom_point(position = Jit, size = 1) + 
    geom_errorbar(aes(ymin = Estimate-SE, ymax = Estimate+SE), width = 0.2, position = Jit) + 
    theme_bw() + 
    facet_wrap(~ Season, ncol = 1, scales = "free") + 
    scale_color_manual(values = c("blue", "red"))

來源

2017-06-16 B. Davis

相關的問題[這裏]（https://stackoverflow.com/questions/3165346/is-it-possible-to-jitter-two-ggplot-geoms -in最同路）。看起來像是歸結爲必須創建自己的抖動。 – aosmith

感謝您的參考。關於如何在分組因素中手動抖動作爲現有問題的答案的任何想法？ –

手動抖動顯示在[這裏]（https://stackoverflow.com/a/39533567/2461552）。看起來'抖動'使用統一的分佈，所以你可以總是從制服中自行繪製，以創建新的「抖動」變量。 – aosmith

您可以擴展position_dodge產生修復jitter的數據：

myjit <- ggproto("fixJitter", PositionDodge, 
       width = 0.3, 
       dodge.width = 0.1, 
       jit = NULL, 
       compute_panel = function (self, data, params, scales) 
       { 

        #Generate Jitter if not yet 
        if(is.null(self$jit)) { 
        self$jit <-jitter(rep(0, nrow(data)), amount=self$dodge.width) 
        } 

        data <- ggproto_parent(PositionDodge, self)$compute_panel(data, params, scales) 

        data$x <- data$x + self$jit 
        #For proper error extensions 
        if("xmin" %in% colnames(data)) data$xmin <- data$xmin + self$jit 
        if("xmax" %in% colnames(data)) data$xmax <- data$xmax + self$jit 
        data 
       }) 




ggplot(datLong, aes(y = Estimate, x = Cov, color = Species, group=Species)) + 
    geom_point(position = myjit, size = 1) + 
    geom_errorbar(aes(ymin = Estimate-SE, ymax = Estimate+SE), width = 0.2, position = myjit)+ 
    theme_bw() + 
    facet_wrap(~ Season, ncol = 1, scales = "free") + 
    scale_color_manual(values = c("blue", "red"))

請注意，你必須創建爲每一個情節的新對象fixJitter。

這裏的情節：

Fixed Jitter

來源

2017-06-17 01:08:08 Marcelo

使用`jitterdodge`時，在ggplot中對齊點和誤差線

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