用NetworkX繪製彩色樹木

注 - 這是對上一個問題的完整重寫，我認爲這太複雜了。它提供了一個更簡單的版本，如果我能解決的話，將會取得進展。用NetworkX繪製彩色樹木

我已經適應我的代碼從這個蘇答案：Is there a way to guarantee hierarchical output from NetworkX?

用下面的代碼非常簡單，我得到了奇怪的着色行爲。

import networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt 

G = nx.DiGraph() 
G.add_node("ROOT") 

for i in xrange(1): 
    for j in range(1): 
     G.add_node(str(j)+"_%i" % i,)   
     if j ==0: 
      G.add_edge("ROOT", str(j)+"_%i" % i) 
     else: 
      G.add_edge(str(j-1)+"_%i" %i, str(j)+"_%i" % i) 

pos=nx.graphviz_layout(G,prog='dot') 

for i in xrange(1): 
    nodelist = ['ROOT'] 
    for j in range(1): 
     nodelist.append(str(j)+"_%i" % i) 
    nx.draw_networkx_nodes(G,pos, nodelist=nodelist, cmap=plt.get_cmap('Set3'), node_color=[0,1]) 
nx.draw_networkx_edges(G, pos,arrows=True) 

limits=plt.axis('off')

這似乎並不重要什麼值，我給了node_color，該值僅是否不同與否。例如，使用node_color = [0,1]時，我會得到與[0,.1]或[0,1000]完全相同的行爲。（爲什麼？色彩地圖的值介於0和1之間）。

enter image description here

但是，如果我改變了顏色表，顏色DO變化。例如：

enter image description here

如果我設置node_color = [3,3]（或任何兩個值哪都一樣），我總是得到同樣的事情，節點相同顏色。

enter image description here

任何想法，我做錯了什麼？

來源

2015-01-08 Wapiti

一個獨立的例子會有所幫助，並且知道你的函數中有什麼'nodecolors'和'x'。 – jozzas

添加了所有涉及的其他部分。（我只是忽略它們，因爲它們有點牽扯，我是NetworkX的新手，所以我想我可能會犯一個新手錯誤。）我認爲這是一個獨立的問題，因爲我可以提出這個問題！ – Wapiti

您可以添加其他一些「時間」值的輸出嗎？ – Joel

在進入顏色映射之前，節點顏色值被標準化爲區間[0，1]。這大概意味着使用全範圍的顏色，而不管給定的值的範圍如何。要使用不同的時間間隔用於縮放，可以設置vmin和vmax參數：

nx.draw_networkx_nodes(G,pos, nodelist, cmap=plt.get_cmap('Set3'), 
         node_color=[0,1], vmin=0, vmax=100)

的詳細說明：

從node_color參數的描述在draw_networkx_nodes() docs：

如果指定了數字值，則它們將映射到我們的顏色vmax，vmax參數。有關更多詳細信息，請參閱matplotlib.scatter。

不幸的是，這些文檔不能很好地描述vmin和vmax的行爲。但reference for matplotlib.scatter確實覆蓋了更多：

vmin和vmax與規範結合使用來規範化亮度數據。 如果其中一個是None，則使用顏色數組的最小值和最大值。

因此，最小的node_color陣列傳遞，通過默認的，映射到0的色彩映射表，並在之間的最大爲1。一切被映射到間隔[0.0,1。0]使用線性映射（這被稱爲標準化或feature scaling）。下面是一些例子，從node_color要點在顏色表的域：

[0，0.1]→[0，1]
[0，1000]→[0，1]
[ 0,200,1000]→[0,0.2,1]
[10,15,20]→[0,0.5,1]
[0,0]→[0,0] （或它可能是[1,1];我實際上沒有運行這個）

來源

2015-01-10 06:21:42 Lack

'vmax'和'vmin'是答案，由於某種原因，我不理解。你的回答並不能解釋爲什麼當我說'node_color = [0,1]'和'node_color = [0，.1]'時我得到了相同的結果（除非我遺漏了某些東西）。但是，當我設置'vmax = 1'和'vmin = 0'時，顏色表突然起作用。這表明有一些與默認值有點關係？感謝您讓我走上正軌。順便說一句，我在這裏問了一個非常類似的問題：http://stackoverflow.com/questions/27871827/colormap-not-working-in-networkx如果你想回答它，我會很樂意接受。 – Wapiti

我編輯了答案以添加一些示例，但我可能誤解了您所困惑的內容。我認爲colormap *確實*「工作」 - 只是*默認情況下，'vmax'被設置爲'node_color' *的最大值。 – Lack

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