在R中繪製漂亮和對齊的彩色樹狀圖

Question

我使用Sparcl軟件包（https://cran.r-project.org/web/packages/sparcl/sparcl.pdf）繪製R中的樹狀圖。在我的具體問題中，我根據一個標準對這些組進行聚類，並且我想通過基於另一個標準（這一點是爲了說明該集羣與另一個特徵是否一致）我已經能夠使用Sparcl包來做到這一點，以突出我想強調的節點：

df <- read.delim("the_data_matrix.txt"); 
d <- dist(as.matrix(df)) 
hc = hclust(d) 
y[]='black' 
y[list_of_nodes$V1]='red' # This will allow me to color only certain branches red, leaving the others black 

如果我繪製標準繪圖功能，我可以控制各種參數，如標籤和文本大小與掛起和cex（但不能着色任何分支）（圖片中這是「樹狀圖1」）：

plot(hc,hang=-10,cex=.1) 

在另一方面，如果我繪製使用內SPARCL的ColorDendrogram功能，我可以得到一個彩色樹狀圖，但失去格式化選項（在圖片中這是「樹狀圖2」）：

ColorDendrogram(hc, y = y, branchlength = 4) 

當我使用hang和cex來控制文本大小和位置時，ColorDendrogram給了我錯誤。 我的問題

有誰知道如何解決這個問題，無論是SPARCL包或另一個內？我希望具有ColorDendrogram具有的顏色靈活性，但不會丟失格式化功能。

Answer 1

嘗試包dendextend（vignette），這應該給你所有的靈活性：

library(dendextend) 
d1 <- mtcars %>% dist %>% hclust %>% as.dendrogram 
d2 <- mtcars %>% dist(method="minkowski") %>% hclust(method="single") %>% as.dendrogram 
vals <- grep("Merc", rownames(mtcars), val=T) # highlight branches leading to "Merc..." 

par(mfrow=c(2, 1)) 
d1 %>% set("by_labels_branches_col", value = vals) %>% set("hang_leaves", -10) %>% set("labels_cex", .1) %>% plot 
d2 %>% set("by_labels_branches_col", value = vals) %>% plot