刪除列具有一定的％0

Question

我是一個新手，R和我有一個名爲PEDM用203行和19列的數據幀，我想編寫一個行刪除，然後在返回的0大多值列數據框（例如，98％的列是0）。

我使用的數據幀輸出熱圖基於基因表達式返回的圖像，我想擺脫有異常並不真正有助於數據線。

我想象的代碼，我要找的線是相當簡單的，但我不能換我的頭周圍正確的方法來做到這一點。只是重申，尋找一條線，將主要從具有98％的0或2％非零的一個數據幀，無論怎樣更容易刪除列。

在此先感謝。

Vivek

Answer 1

爲了清楚起見，我想在幾個步驟中做到這一點。首先定義一個檢查一個向量98點％的零和返回功能真或假：

to.drop <- apply(pedM, 2, myfun) 

最後放棄你不要欄」：

myfun <- function(x, threshhold=0.98) { 
    if(length(x[x==0])/length(x) > threshhold) { 
    TRUE 
    } else { 
    FALSE 
    } 
} 

然後使用apply創建的每個列的布爾向量不想：

pedM <- pedM[, !to.drop]