發送陣列PBS腳本

Question

我有一個bash腳本，與幾個變量調用qsub：

group=group_1 
normals=$(IFS=,; echo *.txt) 

qsub -v VAR1=$group,VAR2=${normals[@]} [...] run_script.pbs 

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run_script.pbs

#PBS -l nodes=1:ppn=16 
#PBS -l walltime=2:00:00 
#PBS -l mem=10GB 

group=$VAR1 
normals=$VAR2 

echo ${normals[@]} 

在這種情況下，數組normals包含多個文件名，但是當我嘗試在.pbs腳本中訪問這些文件時，只打印第一個文件。

在.pbs腳本中傳遞和訪問數組的正確方法是什麼？

Answer 1

你是不是將文件列表存儲在一個數組中。您只是在執行命令替換語法$(..)並將輸出存儲在變量的上下文中，並嘗試以數組的形式訪問它。

獲取文件夾（不需要$(..)）的列表，並將其存儲在一個陣列是正確的做法，

shopt -s nullglob 
fileList=(*.txt) 

oldIFS="$IFS" 
IFS=, 
printf -v var_list "%s" "${fileList[*]}" 
IFS="$oldIFS" 
shopt -u nullglob 

的nullglob選擇需要被處理的情況下，當*.txt沒」 t返回當前文件夾中的任何文件。不包括會在控制檯上吐出一些錯誤。當我們不再需要選項集時，我們用-u解除它。

隨着-v選項printf載體，可以存儲與逗號陣列輸出分離格式直接進入可變var_list

現在可以傳遞一個包含的文件的列表的$var_list以逗號分隔的格式的命令你想。

qsub -v VAR1=$group,VAR2="${var_list}"