從PDB中提取座標文件

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print" Enter the file name"; 

$a=<>; 

@arr=split(" ",$a); 

if($i=0; $i< scalar @arr; $i++) 

foreach $values(@arr) 
{ 

    if($values=~/^ATOM/) 
    { 
     print FH1 $a; 

     open(FH1,">>output.pdb") 
    } 
}

來源

2012-01-29 user1083096

你不打開一個文件來閱讀代碼中的任何地方。 – Mat 2012-01-29 10:46:25

@Mat，你不必明確地打開神奇的ARGV文件句柄。真正的問題是他的代碼甚至沒有編譯。第一個「if」看起來應該是「for」。它也缺少大括號，這在Perl中不是可選的。 – cjm 2012-01-29 10:53:26

@cjm：我不認爲'foreach $ values（@arr）'有什麼魔力，我沒有看到ARGV文件句柄如何在代碼中的任何地方使用。我錯過了什麼嗎？（當然，除了'$ a = <>;'）。 – Mat 2012-01-29 10:56:03

，因爲你不能使用PDB文本文件分割提取PDB文件我寫的代碼波紋管凌動線，沒有顯示任何OUTPUTFILE字段由位置而不是分隔符定義。見Coordinate File Description (PDB Format)。

相反，你應該使用substr ($line,$start,$len)與每個字段（從Coordinate File Description採取）的$start和$len不同的值，或依靠現有PDB解析器之一，如Bioperl's。

來源

2012-01-29 15:39:49 Itamar

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