Matlab：查詢pdb文件中的所有氮座標？

Question

我試圖從泛素蛋白中提取氮配位。我有來自http://rcsb.org/pdb/home/home.do網站的1UBQ.pdb文件。我做了以下。

pdb1 ='/home/devanandt/Documents/VMD/1UBQ.pdb'; 
x=pdbread(pdb1) 
y=x.Model.Atom 

'y'變量給出1x602結構數組，其中包含許多字段，包括座標X，Y，Z。該蛋白質中有76個殘基，因此有76個氮。如何將（X，Y，Z）數據分別提取到數組中？

Answer 1

如果每個x.Model.Atom.X是單數（假定這是一個給定的原子X座標），則：

X = [x.Model.Atom.X]; 
%etc for each field 

應該返回你X的1x602矢量座標

在某些情況下，你可能想要返回所有字段值的單元陣列：

out = {x.Model.Atom.somefield} 

Answer 2

這就是我如何實現它的。

pdb1 ='/home/devanandt/Documents/VMD/1UBQ.pdb'; 
x=pdbread(pdb1); 

atom={x.Model.Atom.AtomName}; 
n_i=find(strcmp(atom,'N')); % Find indices of atoms 

X = [x.Model.Atom.X]; 
Y = [x.Model.Atom.Y]; 
Z = [x.Model.Atom.Z]; 

X_n = X(n_i); % X Y Z coordinates of N atoms 
Y_n = Y(n_i); 
Z_n = Z(n_i);