PubMed文章全文PDF格式

在進行項目工作時，我需要下載和處理PubMed摘要的全文文章，是否有任何實現的代碼或工具允許用戶輸入一組PubMed ID並下載免費的完整版同樣的文章文章。任何形式的幫助或提示都非常感謝。PubMed文章全文PDF格式

2011-01-14 Shreyas Karnik

由於PubMed的性質，我不認爲這是可能的。您要做的最好的事情是從PubMedCentral的Open Access子集中獲取文章。 PubMedCentral有一個number of online utilities做這項工作。

2011-01-15 08:30:03 Stompchicken

你會想用考研來PMC ID轉換器，以獲得您想要的PMCids，然後用自己的E-utils的像StompChicken說。 – 2011-01-16 16:06:17

PubMed中引用的許多文章並非免費提供。即使您的圖書館擁有合適的訂閱，但下載它們也會帶來挑戰，因爲出版商並不知道您在考慮版權或許可證侵犯時並不這麼做。我的理解是，他們將阻止那個可能會導致整個校園關閉的尷尬後果的港口。文本挖掘是一種合法用途。聯繫您的發佈商。更好的是，支持您的開放獲取期刊。 – Chris 2011-09-13 15:06:29

StompChicken指出，發佈商在提交給PMC之前驗證其XML，因此它們不是用於下載的工具。

請注意，PMC中絕大多數文章並非開放式訪問（OA），因此無法通過任何方式自動（合法）下載。 NCBI警告：

PMC中的大多數文章受傳統版權限制，不屬於此子集。閱讀PMC版權聲明以獲取更多信息。
PMC OAI服務和PMC FTP服務是唯一可用於從此開放訪問子集自動下載文章的服務。
禁止通過任何其他自動過程對物品進行系統檢索（批量下載），即使您僅從該子集檢索物品。
某些期刊在發表時免費提供的文章使用「開放獲取」標籤，但仍受傳統版權限制。這些文章不是這個子集的一部分。

要下載PMC內容，最好的辦法是使用PMC開放存取FTP服務：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/ftp/

您還可以使用eutils查詢PMC和下載OA子集的全文以及http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/efetchlit_help.html

另一種方法是使用OAI服務：其餘的摘要http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/oai/

的OAI服務是可怕的記錄，但上手的一些技巧在這裏：http://www.biostars.org/p/2076/#13338

如果你想保持和更新PMC庫，嘗試pubtools：http://code.google.com/p/pubtools/

來源

2012-01-10 20:53:12

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