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我想要得到前10位的BLAST結果序列（只是序列，沒有比對或得分或e值等）。我正在輸入一個包含5個fasta文件的文本文件。所以我的輸出應該是每個fasta文件的前10個blast blast。因此，我的輸出文件將有50個序列。獲得BLAST結果的前10位序列生物Python
我讀我的每個輸入FASTA的文件通過Bio.SeqIO，寫它作爲temp.faa，然後把它傳遞給通過子作爲
blastp -db nr -query temp.faa -out out.faa -evalue 0.001 -gapopen 11 -gapextend 1 -matrix BLOSUM62 -remote -outfmt 2
輸出有很多的其他信息命令行BLAST。我現在應該解析這個輸出還是有更好的方法。
感謝
P.S XML可能是一種方式，但我沒有找到一個初步認識NCBIXML語法分析。