在igraph圖中批量修改邊緣

我想增加igraph圖的鄰接矩陣。我嘗試沒有成功執行以下操作：在igraph圖中批量修改邊緣

require(igraph) 
require(Matrix) 
set.seed(123) # to get always the same graph (see "R reproducible example") 
G <- igraph::erdos.renyi.game(20,10,type="gnm") 
mat <- Matrix(1:16, ncol=4,nrow=4) 
G[1:4, 1:4] <- mat 
# Error in `[<-.igraph`(`*tmp*`, 1:4, 1:4, value = <S4 object of class "dgeMatrix">) : 
# New value should be NULL, numeric or logical

也試過： G [1：4，1：4] < - as.numeric（墊）

# Error in `[<-.igraph`(`*tmp*`, 1:4, 1:4, value = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, : 
# Logical or numeric value must be of length 1

我知道有關add.edges()功能，但它似乎不會取代邊緣，而是附加重量？如果我錯了，請糾正我的錯誤。

我是R的新手，所以請儘可能詳細。

由於

來源

2013-10-27 quine

我不確定你在這裏做什麼？「替代邊緣」是什麼意思？如果要刪除頂點1：4中的邊，並添加矩陣中的邊，那麼只需使用'delete.edges（）'和'add.edges（）。 –

通過'替換邊緣'我實際上意味着使用新的權重去除和替換邊緣權重，只需要一個更有效的步驟。當我說高效時，我的意思是隻更新需要它的位置上的節點的索引，而不是全部刪除，然後將全部添加到我想要的子矩陣中。我猜這可能是緩慢的，因爲節點索引必須更新兩次，以獲得子矩陣中的所有節點？ – quine

如果邊緣已經全部存在，那麼只需更新它們的權重。這可以用'G [from = ...，to = ...] < - newweigths'完成。您不能在一個步驟中添加邊和更新其他邊的權重。無法在單個步驟中刪除邊和邊。順便說一句。添加權重不會改變內部的圖形索引，但是在R中，它會複製整個圖形一次。 –

分配G[] <-只需要一個邏輯值作爲文檔中所述（即TRUE或FALSE）。
（類型：

?`[<-.igraph`

，並檢查節「索引運營商」）

因此，舉例來說，如果你用這種方式創建一個圖表：

require(igraph) 
set.seed(144) # just to get the same initial graph 
G <- igraph::erdos.renyi.game(10,5,type="gnm") 

plot.igraph(G,layout=layout.kamada.kawai)

Initial Graph

那麼你這樣做：

G[1:4,1:4] 
> 
[1,] . . . . 
[2,] . . 1 . 
[3,] . 1 . . 
[4,] . . . .

你得到的(0,1)，一個4x4稀疏矩陣，其中1在(i,j)位置表明，有一個從i到j邊緣。
正如你所看到的，在這種情況下，只有一個邊緣2,3（顯然3,2，因爲是一個無向圖）

然後，通過設置G[1:4,1:4] <- TRUE你這是在強迫邊緣的所有頂點之間(1,4)，相反，通過設置G[1:4,1:4] <- FALSE您正在刪除(1,4)中所有頂點之間的所有邊。因此，這些方法不太適合選擇性地「批量改變」鄰接矩陣，因爲您只能創建或刪除矩陣子集中的所有邊。

在我看來，更好的方法可能是將這種方法與add.edges相結合;例如，如果您想更改(1,4) adj。子矩陣連接(1,3)和(2,4)，你可以這樣做：

G[1:4,1:4] <- FALSE # remove previous edges 
G <- add.edges(G, c(1,3,2,4)) # add the new edges

事實上，再次密謀：

plot.igraph(G,layout=layout.kamada.kawai)

你會得到這樣的：

Modified Graph

在那裏你可以看到該邊緣(2,3)已被淘汰，新邊緣(1,3)和(2,4)已被添加。

來源

2013-10-27 11:44:04 digEmAll

看來你是對的。這是做我所需要的最有效的方法。謝謝！ – quine

在igraph圖中批量修改邊緣

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