dendextend

3熱度

3回答

我有一個數字矩陣R與24行和10,000列。這個矩陣的行名基本上是文件名，我已經讀取了與這24行相對應的數據。除此之外，我還有一個單獨的24個因子列表，指定24個文件所屬的組。有3組 - 醇，碳氫化合物和酯。的名稱和相應的組其所屬看起來像這樣： > MS.mz [1] "int-354.19" "int-361.35" "int-368.35" "int-396.38" "int-408.41"

1熱度

1回答

hclust（）與cutree ...如何在單個hclust（）中繪製cutree（）集羣

我使用cutree（）將我的hclust（）樹聚類爲若干組。現在我想一個函數來hclust（）幾個groupmembers作爲hclust（）... ALSO：我砍一棵樹到168組，我想168 hclust（）樹木... 我的數據是1600 * 1600矩陣。我的數據是tooooo大，所以我給你舉個例子 m<-matrix(1:1600,nrow=40) #m<-as.matrix(m) /

1熱度

2回答

註釋在樹狀圖

的節點的距離考慮一個簡單的樹狀像 dend <- 1:5 %>% dist %>% hclust %>% as.dendrogram 我如何可以註釋節點上的距離（高度）？我查了一下dendextend包，但它沒有提供這樣的功能。然而，我知道我可以從這些距離列表 heights <- as.list(dend %>% get_nodes_attr("height")) 任何幫助，高度讚賞。

5熱度

1回答

樹狀圖邊緣（分支）顏色匹配提示（葉）顏色（猿包）

我試圖添加顏色到邊緣（線）的R系統發育類型情節使用plot.phylo命令從猿包。這個例子是針對「粉絲」類型的情節，儘管我期望這種方法與「類型化的類型」或其他相同。 library('ape') hc <- hclust(dist(USArrests), "ave") plot(as.phylo(hc), type="fan") 添加顏色到基於一組基團的尖端（標籤）與tip.color選項

1熱度

1回答

在R中繪製漂亮和對齊的彩色樹狀圖

我使用Sparcl軟件包（https://cran.r-project.org/web/packages/sparcl/sparcl.pdf）繪製R中的樹狀圖。在我的具體問題中，我根據一個標準對這些組進行聚類，並且我想通過基於另一個標準（這一點是爲了說明該集羣與另一個特徵是否一致）我已經能夠使用Sparcl包來做到這一點，以突出我想強調的節點： df <- read.delim("the_data

1熱度

1回答

從樹狀圖中刪除一個簇

我正在使用此鏈接根據類別繪製帶有彩色標籤的樹狀圖。第二個答案是什麼，我在使用下面的代碼此鏈接（Tree cut and Rectangles around clusters for a horizontal dendrogram in R）看：我要切出一些簇的，因爲我有16個簇，與145個標籤，這樣 d <- dist(t(mat[,3:ncol(mat)]), method = "euclid

0熱度

1回答

R/Python：Heirarchical聚類，樹狀圖註釋

我想進行分層聚類並繪製帶有熱圖的經典樹狀圖。在R中使用heatmap.2或heatmap.3是相當容易的，而且在python中看起來也很容易。然而，我沒有真正找到一個好的解決方案是樹的註釋。理想情況下，我想根據元數據爲我的分支着色代碼。假設我有5個不同類型的〜10K行，在聚類之後，我想要查看這些類型如何組合在一起。由於數據量的原因，標記每行並不可行。基於簇/距離對樹進行着色似乎不是不可能的，但

2熱度

1回答

R和rect.hclust：樹狀圖中標籤上的矩形

我正在第一次構建樹狀圖，簇周圍的矩形繪製在標籤上。你知道如何修改這些標籤的位置以避免這種重疊？在這裏，你可以找到我的代碼工作的例子： mydata <- c(9.45, 10.54, 10.36, 10.46, 10.78, 10.1, 11.13) mydata.matrix <- matrix(mydata, nrow = 1, ncol = 7) colnames(mydata.mat

1熱度

1回答

熱圖和樹狀圖中的顏色邊欄

我想將顏色邊欄添加到熱圖貼圖欄。我的病例/樣本屬於不同的組/類別（例如，樣本是各種細胞中的許多基因表達的結果，並且組是不同的物種）。我想顏色側欄反映不同的物種。該列已由單元格的類型標記。我知道我可以將不同的顏色分配給不同的物種（使用if和else），但有超過20個物種和200多個樣品，這是不實際的。同樣，按組排序數據並將不同的顏色分配給例如樣本1至10,11至25等... 我發現as.chara

2熱度

1回答

標記垂直和水平樹狀圖

我是R新手，我試圖使用dist（）和hclust（）構建水平和垂直標記的樹狀圖。我已經構建了六種不同的類型，但似乎無法添加標籤。謝謝，如果有人有任何建議。我試過用as.dendrogram（），colnames（），rownames（）和label（）來標記這些樹狀圖沒有成功的許多不同方法。但是，輸出樹狀圖具有無意義的標籤。我試圖用「家庭」 - 「X22」，「X4」，「X75」，「X87」來標記