hclust

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我有一個數據集（已縮放的）由總共8列的：第一列表示所分配的集羣的每個觀測所屬和，7個因變量（每個都在不同的列中）。我想通過R中的Coordinate Plot開發一個聚類可視化，就像下面的博客（http://blog.datascienceheroes.com/short-lesson-on-cluster-analysis/）所示。任何人都可以幫助我嗎？

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R：分層聚類

比方說，我們有以下數據集 set.seed(144) dat <- matrix(rnorm(100), ncol=5) 下面的函數創建列的所有可能的組合，並刪除第一 (combinations <- do.call(expand.grid, rep(list(c(F, T)), ncol(dat)))[-1,]) # Var1 Var2 Var3 Var4 Var5 # 2 TRUE

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獲取hclust cutree的索引

這是一個非常基本的問題，不幸的是我不知道該怎麼去問它。可以說我有聚類下面的代碼使用hclust： hc <- hclust(dist(USArrests), "ave") s = cutree(hc,k=2) 讓我們假設sort(s)給出以下結果： Alabama Alaska Arizona Delaware Florida 1 1 1 2 2 我怎樣才能得到Ala

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如何導出hclust集羣結果

我是R的新手，但我一直在這個問題上堅持了幾周。我有343個觀測數據和28個數據集。這28列中的第一列是一個標識符。在運行我的分析之前，我使用newdata <- olddata[,2:28]省略了該ID列，然後繼續運行聚類分析。我得到了我的結果，一切都看起來不錯;但是現在，我想恢復標識符並將其作爲文本文件導出，至少包括每個觀察標識符及其相應的簇編號。這是一組空間數據，需要放回到GIS中進行映射。當

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如何調整熱圖中的顏色範圍.2

我想繪製使用R語言的熱圖。在繪製熱圖圖後，我發現我的熱圖不適合解釋，因爲顏色鍵的範圍沒有很好地調整。正如您在下面看到的，與我的數據分佈相比，顏色鍵範圍非常長（它們在0到4之間）。因此，熱圖中的所有顏色都是綠色的。如何解決這個問題呢？以下是我的代碼。（我試圖尋找解決方案，但我沒有找到我的情況下適當的線程。） library(gplots) matrix <- as.matrix(read

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R - 'pvclust'中的分層聚類問題

我做了一個可重現的例子，我在pvclust中遇到了麻煩。我的目標是在分層簇樹形圖中選擇理想的簇。我聽說過'pvclust'，但不知道如何使用它。此外，如果任何人有除此之外的其他建議，以確定理想的羣集，這將是非常有益的。提供我的代碼。 library(pvclust) employee<- c('A','B','C','D','E','F','G','H','I', 'J','K

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R將樹形圖分割成最小大小的組

是否有一種簡單的方法可以計算h中的最小值cut，它可生成給定最小大小的分組？在這個例子中，如果我想集羣，每個至少十名成員，我應該h = 3.80去： # using iris data simply for reproducible example data(iris) d <- data.frame(scale(iris[,1:4])) hc <- hclust(dist(d)) pl

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R - 在hclust中具有特定特徵的孤立簇

我已經使用hclust生成了一些數據的簇樹形圖，但是我需要隔離所有配對的簇，即構成僅2個數據的所有簇（第一個即使它們可能與「更高」分支上的其他數據聚集在一起）。有誰知道我該怎麼做？我已經突出顯示了我想要在附加圖像中分離的簇，希望能夠更好地解釋它。我希望能夠在所有這些集羣配對數據隔離以這樣的方式能夠在集羣上比較它們的內容。例如查看其中哪些包含特定類型的數據。

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heatmap.2-錯誤：COLV樹狀圖不符X

我生成使用R. 熱圖我用hclust功能，並得到了錯誤的大小： Colv dendrogram doesn't match size of x。下面是我的代碼，它與一個正方形矩陣完美配合。現在我的輸入矩陣是400x2000。有人能告訴我爲什麼我得到這個錯誤嗎？ data <- read.table("mydata.txt",sep="\t",header=TRUE,row.names=1) d

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hclust（）與cutree ...如何在單個hclust（）中繪製cutree（）集羣

我使用cutree（）將我的hclust（）樹聚類爲若干組。現在我想一個函數來hclust（）幾個groupmembers作爲hclust（）... ALSO：我砍一棵樹到168組，我想168 hclust（）樹木... 我的數據是1600 * 1600矩陣。我的數據是tooooo大，所以我給你舉個例子 m<-matrix(1:1600,nrow=40) #m<-as.matrix(m) /