hcluster

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python hcluster，距離矩陣和濃縮距離矩陣

我使用模塊hcluster從距離矩陣計算樹狀圖。我的距離矩陣是這樣生成的數組的數組： import hcluster import numpy as np mols = (..a list of molecules) distMatrix = np.zeros((10, 10)) for i in range(0,10): for j in range(0,10):

python distance hcluster 2011-04-19

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轉換被ndarray通過hcluster生成到Newick字符串爲使用ete2包

我必須通過運行創建載體列表： import hcluster import numpy as np from ete2 import Tree vecs = [np.array(i) for i in document_list] 其中document_list是網頁文件，我分析的集合。然後我進行聚類： Z = hcluster.linkage(vecs, metric='cosine

python numpy dendrogram etetoolkit hcluster 2012-02-20

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在python中使用hcluster進行分層聚類的錯誤

我想運行下面的代碼，並且得到一個AttributeError：'module'對象沒有在最後一行中引發的屬性'hcluster'。 我在Mountain Lion中運行，我使用pip和自制軟件，而hcluster在PYTHONPATH =/usr/local/lib/python2.7/site-packages中。 任何想法可能會出錯？謝謝。 import os import hcluster

python attributeerror hcluster 2013-10-23

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Python中的層次聚類問題

我正在用相關距離度量（即1-皮爾森相關）對2維矩陣進行層次聚類。我的代碼如下（該數據在一個名爲「數據」變量）： from hcluster import * Y = pdist(data, 'correlation') cluster_type = 'average' Z = linkage(Y, cluster_type) dendrogram(Z) 我得到的錯誤是： ValueE

python numpy machine-learning scipy hcluster 2010-05-30

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無法從PyPI中的python 2.6 XP

我使用與hcluster提供下列行的setup.py文件安裝hcluster補充說： sys.path.append("c:\\Program Files\\Python26\\Lib\\site-packages\\hcluster-0.2.0") sys.path.append("c:\\Program Files\\Python26\\Lib\\site-packages\\hcluste

python hcluster 2010-11-09

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如何構建和安裝hcluster？

我從http://pypi.python.org/pypi/hcluster下載hcluster，然後解壓縮到一個文件夾，然後鍵入"python setup.py install"。這似乎爲它確定顯示： Z:\>python setup.py install running install running build running build_py running build_ext

python hcluster 2013-01-19

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