protein-database

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好的。讓我先解釋一下事情。我在這段代碼中使用了一個名爲Biopython的特定模塊。如果您不習慣使用模塊，我正在解釋解決問題的必要細節。的代碼是： #!/usr/bin/python from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser import numpy as np parser=PDBParser(PERMISSIVE=1) structure

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用Python提取Fasta月光蛋白質序列

我想通過Python從Moonlighting Protein Database（www.moonlightingproteins.org/results.php?search_text=）中提取含有氨基酸序列的FASTA文件，因爲它是一個迭代過程，我寧願學習如何編程，而不是手動完成，B/C來吧，我們在2016年。問題是我不知道如何編寫代碼，因爲我是一個菜鳥程序員:(。基本的僞代碼將是：提前 fo

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使用python比較文件中不同行的兩個單詞

我正在使用蛋白質數據庫中的文件，它看起來像這樣。 SITE 2 AC1 15 ASN A 306 LEU A 309 ILE A 310 PHE A 313 SITE 3 AC1 15 ARG A 316 LEU A 326 ALA A 327 ILE A 345 SITE 4 AC1 15 CYS A 432 HIS A 435 HOH A 504

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如何在細胞視野中將網絡變成蛋白質形狀？

我有一個蛋白質網絡加載到cytoscape。我想將網絡節點變成與蛋白質形狀/結構相對應的形狀。這樣就可以將網絡圖像疊加到蛋白質結構圖像上。我試過RINanalyzer和structureviz2，但沒有幫助。任何解決方案

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從哪裏可以下載* .mat格式的RS126蛋白數據集？

我一直在研究蛋白質二級結構預測項目。我無法在線找到RS 126數據集。我在該數據庫中找到了一個蛋白質列表。我對它們和* .mat（MATLAB數據集）格式運行PSI BLAST搜索後尋找相同的蛋白質。謝謝！

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如何在BioJava中使用mmCIF格式代替PDB？

我有一個小問題... 我知道，對於使用BioJava下載一個PDB結構，我應該使用 Structure s = StructureIO.getStructure("code"); 我應該怎麼做用MMCIF文件呢？

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來自pdb文件的字典鍵

我試圖通過一個.pdb文件，計算來自蛋白質複合物的A和B鏈上不同殘基的α碳原子之間的距離，然後將距離與字典一起存儲鏈標識符和殘基編號。例如，如果在鏈A上的殘基100上發現第一個α碳（「CA」），並且它與鏈上的殘基123上的鏈結合，那麼會希望我的字典看起來像d = {（ A，100）：[B，123，distance_between_atoms]} from Bio.PDB.PDBParser imp

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氨基酸結合位點發現，蛋白質數據庫

我試圖找出屬於兩個不同鏈的兩個原子是否會被視爲「綁定」。這基於這樣一個事實，即如果距離（通過給定的x，y，z座標可以找到的euclidian）短於兩個原子的範德瓦爾加上0.5A，那麼它被認爲是束縛的。問題是我不知道如何計算每個原子的範德華力。因爲在PDB中，原子名稱就像CB1，CA等，而不是單個原子。例如，我知道瓦爾斯半徑爲N。我可以編寫代碼來計算原子之間的原子距離，但是我不能做範德華分量，這是必

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如何使用正則表達式在方括號內獲取內容？

我有一個名爲50267.gff像GFF文件如下 #start gene g1 dog1 dog2 dog3 #protein sequence = [DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD] #end gene g1 ### #start gene g2 cat1 cat2 cat3 #protein sequence = [C

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提取PDB trajctory

每個文件我有一個PDB文件代表軌跡文件看起來像 REMARK GENERATED BY TRJCONV TITLE Protein in water t= 400.00000 REMARK THIS IS A SIMULATION BOX CRYST1 99.547 99.547 99.547 90.00 90.00 90.00 P 1 1 MODEL 1 ATOM 1 N P