pubmed

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我在尋找存儲大量數據的plucene，我很新。每個數據記錄都有唯一的ID和3個字段。這些字段有很多文本，但我只想要id可以被搜索/索引，所以當我提供一個id我可以檢索其他字段。一個簡單的代碼示例一塊是這樣的： my $newIndex = Plucene::Simple->open("data"); $newIndex->add(id1 => {pubmedID => "1223323", ti

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pyparsing一個查詢格式到另一個

我很茫然。我一直試圖讓這個工作好幾天。但是我沒有得到任何答案，所以我想我會在這裏諮詢你們，看看有人能幫助我！我使用pyparsing試圖解析一個查詢格式到另一個。這不是簡單的改造，但實際上花費了一番腦筋:) 當前查詢如下： ("breast neoplasms"[MeSH Terms] OR breast cancer[Acknowledgments] OR breast cancer[Fig

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解析PubMed XML以提交到mySQL數據庫（XML :: Twig）

我是XML :: Twig的新手，我試圖解析PubMed XML 2.0 esummary final來放入mySQL數據庫。我已經得到了這麼多： #!/bin/perl -w use strict; use DBI; use XML::Twig; my $uid = ""; my $title = ""; my $sortpubdate = ""; my $sortfirstau

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的Java考研塊的URL請求

我有一些代碼，訪問在考研的文章和分析從每個XML的一些信息。該程序在我的電腦上正常工作，但需要很長時間才能完成。所以當我在unix機器上運行它時，特別是對於這類事情，我所做的每個請求都被阻止。在機器認爲它是病毒之前每分鐘可以做多少個限制，但這不是問題，因爲所有請求都被阻止。我檢查了這種情況，只有在PubMed網站的請求中才會發生。在此先感謝編輯：我用jsoup進行連接。從我的程序運行的Proc

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帶有示例biopython代碼查詢pubmed的HTTPError

我想通過python查詢pubmed。我找到了一個不錯的生物學相關的庫來做到這一點： http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html 我發現一些示例代碼在這裏： http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc116 from Bio import Entrez Ent

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訪問摘要從pubmed使用生物:: DB :: EUtilities

我使用Bio :: DB :: EUtilities查詢Pubmed DB與給定的PMID（Pubmed Id）。 use Bio::DB::EUtilities; use strict; use warnings; my @ids = (23298400); my $factory = Bio::DB::EUtilities->new(-eutil => 'efetch',

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使用RefManageR獲取來自PMID的PubMed信息 - 在循環中

我試圖從PubMed檢索引用信息 - 使用RefManageR和PubMed ID（pmids） - 。我選擇了RefManageR，因爲它很容易以data.frame格式粘貼輸出。對我而言，仍然難以理解，並且自己使用PubMed API。我能寫一個使用「PMIds的字符串」作爲輸入代碼來獲取數據： require(RCurl) urli <- getURL("https://gist.gi

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biopython有沒有一種方法可以從一篇博客文章中獲得完整的摘要？

目前，我有以下代碼查詢考研： from Bio import Entrez Entrez.email = "[email protected]" # Always tell NCBI who you are handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="bacteria") record = Entrez.read(handle) list = r

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無法獲得entrez使用biopython返回網格術語

快速的問題 - 第一次使用biopython，我只是試圖陪審團 - 基於教程真正快速安裝的東西。我似乎無法得到Entrez.efetch()回目而言對於給定的文章，唯一的方法似乎是我在做什麼，即： handle = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmids, rettype="medline", retmode="xml") records = Entrez.re

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transform pmc-id - > pmid

是否可以通過ncbi api將pmc-ids（pubmed central id）轉換爲pmids（pubmed id）？您可以通過網絡表格做到這一點，但我想要使用一個程序 - 當然我可以隨時寫一個屏幕報廢...謝謝